机动车查验员违规查验机动车的处罚需根据违规性质、情节严重程度及造成的后果综合判定，具体处罚措施如下：

1. 行政处分
   若查验员存在程序违规（如未按规定流程查验、未核对关键证件或数据），但未造成严重后果，通常由公安机关交通管理部门或其上级单位依据《公安机关人民警察纪律条令》《公务员法》等规定，给予警告、记过、记大过、降级、撤职等行政处分。例如，未查验车辆发动机号却出具合格证明，可能被认定为“不履行法定职责”，处以警告或记过。

2. 刑事责任
   若违规行为涉及严重违法（如与车商勾结伪造查验结果、收受贿赂帮助违规车辆通过检验），可能触犯《刑法》中的受贿罪（第三百八十五条）、滥用职权罪（第三百九十七条）或玩忽职守罪（第三百九十七条）。例如，查验员明知车辆存在拼装、报废等情形仍出具合格证明，导致重大交通事故的，可能被追究刑事责任，面临三年以下有期徒刑或拘役。

3. 民事赔偿
   若违规查验直接导致他人财产损失（如因未查验制动系统导致事故），受害方可依据《民法典》第一千一百六十五条要求查验员所在单位承担侵权赔偿责任。单位赔偿后，可向存在故意或重大过失的查验员追偿。

4. 行业禁入
   根据《机动车登记规定》（公安部令第164号）第六十一条，查验员若存在“为未经查验或者查验不合格的机动车登记”等行为，公安机关交通管理部门可暂停其查验资格或取消查验员资格，且可能被列入行业黑名单，限制未来从事相关职业。

补充说明：

• 处罚主体通常为公安机关交通管理部门或纪检监察机关，具体程序需依据《行政机关公务员处分条例》《公安机关督察条例》等执行。
  
• 若查验员行为同时涉及多个违法情形（如既受贿又滥用职权），可能数罪并罚。
  
• 实践中，违规查验的认定需以证据为基础，如查验记录、监控录像、证人证言等。

如有具体案件细节（如违规方式、后果等），可进一步向我咨询，我会结合法律条文和司法实践为您详细分析。