针对招标代理公司违规收取招标文件费被审计查出的情况，处理方式需结合法律法规、违规性质及后果综合判断，具体如下：

1. 立即整改并退还费用
   根据《招标投标法》及实施条例，招标文件售价应仅涵盖成本（如印刷、邮寄费用），且不得以营利为目的。若审计发现违规收费，首要处理措施是立即停止违规行为，并在规定期限内（如审计报告要求或行政机关指定的期限）向所有支付方退还多收费用。若涉及金额较大或情节严重，可能需公开道歉或说明整改情况。

2. 接受行政处罚
   若违规行为被认定为“擅自提高收费标准”或“未按规定公示收费项目”，根据《价格违法行为行政处罚规定》，可能面临：

   • 没收违法所得：审计查实的违规收费金额需全额上缴国库；
     
   • 罚款：根据情节轻重，罚款幅度为违法所得的1-5倍（无违法所得时可能按定额处罚）；
     
   • 责令停业整顿：若违规行为导致严重后果（如影响招标公平性），可能被暂停招标代理业务。

3. 承担民事赔偿责任
   若投标人因违规收费遭受损失（如因费用过高放弃投标导致机会损失），招标代理公司可能需承担民事赔偿责任。但实践中，此类赔偿需投标人举证损失与违规收费的直接因果关系，难度较高，但仍需在合同或公告中预留协商或诉讼解决途径。

4. 信用惩戒与行业监管
   根据《招标投标领域信用体系建设指导意见》，违规行为可能被记入信用档案，影响公司参与政府采购或大型项目的资格。此外，行业主管部门（如发改委、住建部门）可能对公司的招标代理资质进行重新审查，甚至降低资质等级或吊销许可证。

建议行动步骤：

1. 立即核对审计报告，确认违规收费的具体项目、金额及时间范围；
   
2. 制定退费方案，明确退费流程、时限及联系方式，并通过公告或书面通知告知相关方；
   
3. 主动向审计机关或行业主管部门提交整改报告，说明整改措施及预防机制；
   
4. 评估法律风险，必要时委托律师协助处理行政处罚听证或民事纠纷。
   

若涉及复杂情形（如多次违规、金额巨大或涉及串标等），可进一步向我说明细节，我会结合具体法规提供针对性方案。