面对您已经偿还了欠款但对方未撤案的情况，您可以按照以下详细步骤来处理，以确保您的合法权益得到妥善维护：
一、确认还款事实并收集证据
首先，您需要确保自己确实已经偿还了全部欠款，并且收集好所有能证明这一点的证据。这些证据可以包括银行转账记录、收条、微信或支付宝转账截图、双方签署的还款协议等。这些证据是后续处理问题的关键，务必确保它们的真实性和完整性。
二、主动与原告沟通
- 联系原告：您应主动联系原告，明确告知其债务已经清偿的事实，并请求其及时向法院提交撤诉或撤销执行申请。在沟通过程中，保持冷静和礼貌，尽量通过协商解决问题。
- 了解原因：询问原告不撤诉或撤销执行的原因，可能存在误解、信息不对称或其他未解决的诉求。通过沟通，您可以更好地了解对方的立场，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 保留沟通记录：在与原告沟通过程中，务必保留好相关记录，如聊天记录、通话录音等。这些记录可能在后续处理中作为证据使用。
三、向法院提交证据并申请处理
- 准备材料：将收集好的证据材料整理成册，包括还款证明、沟通记录等。确保材料齐全、真实、有效。
- 提交法院：将这些材料通过正规的送达方式，如法院专递邮寄或直接到法院立案窗口提交给法院。同时，向法官说明债务已经履行完毕的情况，并申请法院审查并考虑终结诉讼或执行程序。
- 申请法院核实：如果原告拒绝沟通或沟通无果，您可以向法院提出申请，请求法院依职权对债务履行情况进行调查核实。法院有权通过多种方式核实，如查询相关银行等金融机构的资金流转情况等。
四、查询案件进展并申请法院裁定
- 查询状态：您可以拨打法院的诉讼服务热线或直接到法院立案庭、审判庭咨询，提供案件相关信息，了解案件目前的状态及法院对该案件的后续安排。
- 申请裁定：如果原告经沟通后仍不配合撤诉或撤销执行，您可以向法院提交书面申请，详细说明债务已清偿的事实和理由，附上还款证据，请求法院依法裁定终结诉讼或执行程序。申请应包含申请人信息、案件基本情况、申请事项（请求终结诉讼或执行）以及事实与理由等内容，确保格式规范、表述清晰准确。
五、了解法律规定并尊重法院裁决
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，民事诉讼应遵循诚信原则，且当事人有权在法律规定的范围内处分自己的民事权利和诉讼权利。宣判前，原告有权申请撤诉，但是否准许由人民法院裁定。这意味着撤诉并非由原告单方面决定，而是需要经过法院的审查与裁定。
- 您应了解并尊重法院的裁决结果。如果法院裁定终结诉讼或执行程序，那么案件将得到妥善处理。如果法院认为证据不足或存在其他争议点，可能会要求您进一步补充证据或进行其他处理。
六、考虑其他纠纷与寻求专业帮助
- 尽管欠款已经还清，但原告未撤诉或撤销执行可能意味着双方之间还存在其他纠纷或争议。因此，您需要仔细审查原告的诉讼请求和理由，以便更好地应对可能的纠纷。
- 如果您对法律程序或自身权益保护存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据您的具体情况提供个性化的解决方案，并帮助您更好地维护自己的合法权益。
通过以上步骤，您可以有效地应对已经偿还欠款但原告未撤案的情况。请保持冷静并采取合适的措施来解决问题，同时尊重法律程序和法院的裁决。