对于二十九座营运客车超载六人的情况，主要会面临行政处罚，若引发严重后果还可能涉及刑事处罚，以下是具体说明：
行政处罚层面
- 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。二十九座客车超载六人，超载比例约为20.69%（6÷29×100%），超过了额定乘员百分之二十，所以会面临五百元以上二千元以下的罚款。
- 扣分：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶公路客运汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的，一次记12分。此情况超载比例超过百分之二十未达百分之五十，驾驶员会被一次记12分。
- 扣车与转运：公安机关交通管理部门会扣留机动车至违法状态消除，也就是要将超载的人员转运，使车辆恢复符合核定载客人数的状态后，才会放行车辆。
- 对运输单位的处罚：如果是由运输单位的车出现这种情况，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。这是因为运输单位有管理和监督车辆合法运营的职责，出现超载情况，相关主管人员需要承担相应责任。
刑事处罚层面（若引发严重后果）
- 交通肇事罪：如果因为超载行为导致发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，会构成交通肇事罪。根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条规定，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；交通运输肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。例如，超载的客车在行驶过程中因为车辆负荷过重，制动失灵，发生了严重的交通事故，造成多人伤亡和重大财产损失，驾驶员就可能面临刑事处罚。
- 危险驾驶罪：在道路上驾驶机动车，从事校车业务或者旅客运输，严重超过额定乘员载客的，构成危险驾驶罪。根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一规定，处拘役，并处罚金。虽然目前对于“严重超过额定乘员载客”没有明确统一的标准，但二十九座客车超载六人，超载比例超过百分之二十，有可能被认定为严重超载，从而构成危险驾驶罪。
如果遇到此类情况，建议积极配合相关部门的调查和处理。要是对处罚结果有异议，可以在规定的时间内依法申请行政复议或者提起行政诉讼。还有其他疑问的话，欢迎继续向我咨询。