结论：强奸案底的人员住酒店，一般情况下酒店不会主动查询其案底，但在特定情况下，如公安机关因办案需要，可能会依法对酒店入住记录进行查询，从而间接获取到相关信息。

详细分析：

1. 酒店入住的常规流程：

   • 酒店在接待客人入住时，主要关注的是客人的身份信息是否真实有效，以及是否符合入住条件（如年龄、支付能力等）。
   • 通常情况下，酒店不会主动查询客人的犯罪记录或案底，因为这并非酒店入住的必要流程，也超出了酒店的职责范围。

2. 公安机关的查询权限：

   • 根据相关法律法规，公安机关在办理案件时，有权依法查询相关人员的住宿记录、通信记录等个人信息。
   • 如果公安机关因调查强奸案件或其他相关案件，需要查询特定人员的住宿记录，他们可能会依法向酒店提出查询请求。

3. 特定情况下的查询：

   • 在某些特殊情况下，如强奸案件的嫌疑人或罪犯在逃，公安机关可能会通过查询酒店入住记录来追踪其行踪。
   • 此外，如果酒店发现入住客人有可疑行为或涉及违法犯罪活动，也有义务向公安机关报告，并配合公安机关的调查工作。

4. 对个人隐私的保护：

   • 尽管公安机关在特定情况下有权查询酒店入住记录，但这一行为必须严格依法进行，并受到法律的严格监督。
   • 酒店和公安机关都有义务保护客人的个人隐私信息，不得随意泄露或滥用。

法律建议：

• 如果您有强奸案底并担心住酒店时可能面临的问题，首先建议您遵守法律法规，不要从事任何违法犯罪活动。
• 在入住酒店时，您可以如实提供身份信息，并配合酒店的入住流程。
• 如果您担心个人隐私被泄露或滥用，您可以了解相关法律法规对个人隐私保护的规定，并在必要时向相关部门投诉或寻求法律帮助。

后续行动建议：

• 如果您对酒店入住流程或公安机关的查询权限有进一步疑问，或者您遇到了相关法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。