公司变更备案时私自更改股东协议是违法的。以下从几个方面进行详细分析：
股东协议的法律性质：
股东协议是股东之间就公司经营、管理、利润分配等事项达成的协议，它具有合同性质，对股东之间具有法律约束力。任何一方未经其他股东同意，不得擅自变更或解除股东协议。
公司变更备案的法律要求：
公司变更备案是公司根据法律法规的要求，将公司的变更情况（如股东变更、股权结构变更等）向相关部门进行登记备案的过程。这一过程要求公司如实提供变更情况的相关资料，确保备案信息的真实性和准确性。
私自更改股东协议的违法性：
- 违反合同约定：私自更改股东协议，首先违反了股东之间的合同约定，损害了其他股东的合法权益。
- 违反公司法规定：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司变更备案应当如实提供变更情况的相关资料。私自更改股东协议，可能导致备案信息不真实、不准确，从而违反公司法的规定。
- 可能构成欺诈：如果私自更改股东协议是为了掩盖某些不合法或不合规的行为，如虚假出资、抽逃出资等，那么这种行为还可能构成欺诈，需要承担相应的法律责任。
法律后果：
- 民事责任：私自更改股东协议的股东可能需要向其他股东承担违约责任，赔偿因违约行为造成的损失。
- 行政责任：如果私自更改股东协议导致公司变更备案信息不真实、不准确，公司及相关责任人员可能面临行政处罚，如罚款、警告等。
- 刑事责任：在极端情况下，如果私自更改股东协议的行为构成犯罪（如欺诈罪），相关责任人员还可能面临刑事追究。
建议：
- 遵守法律法规：公司在进行变更备案时，应严格遵守相关法律法规的规定，如实提供变更情况的相关资料。
- 尊重股东协议：股东之间应尊重彼此的权益，未经其他股东同意，不得擅自变更或解除股东协议。
- 及时咨询专业律师：如果对公司变更备案或股东协议有任何疑问或需要进一步的法律建议，应及时咨询专业律师，以确保公司的合法合规运营。
如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。