机动车一天内闯红灯两次的处罚为：分别裁决、合并执行，即对每次闯红灯行为均处以罚款200元、记6分的处罚，两次处罚合并后，共罚款400元、记12分。具体分析如下：

1. 法律依据与处罚标准
   根据《道路交通安全法》第九十条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条第八项规定，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的（闯红灯），处200元罚款，并一次记6分。该处罚标准针对每次违法行为独立适用，与违法行为发生的时间间隔无关。

2. 多次违法行为的处理原则
   若机动车在一天内被电子监控设备抓拍到两次闯红灯行为，或被交警现场查处两次，公安机关交通管理部门将依据《公安机关办理行政案件程序规定》第一百六十二条，对每次违法行为分别裁决、合并执行。即：

   • 第一次闯红灯：罚款200元、记6分；
     
   • 第二次闯红灯：罚款200元、记6分；
     
   • 合并执行：共罚款400元、记12分。

3. 特殊情形说明

   • 记分周期影响：若驾驶员在一个记分周期内累计记分达到12分，公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证，并要求其参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，通过考试后方可清分并返还驾驶证。
     
   • 处罚时效性：闯红灯的违法行为需在15日内接受处理，逾期可能产生滞纳金（每日按罚款数额的3%加处，最高不超过罚款本金）。
     
   • 证据审查：若驾驶员对违法行为有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼，但需在收到处罚决定书之日起60日内提出。

建议：驾驶员应严格遵守交通信号灯指示，避免因多次违法导致记分累积至12分，进而影响驾驶证正常使用。如有进一步疑问，可直接向我咨询交通违法处理相关法律问题。