核心结论：在交通事故责任认定书判定你为主责，双方商定赔偿时，需签订一份详细、明确的赔偿协议书，以保障双方权益，避免后续纠纷。以下为具体手续及注意事项：

1. 协议书内容要点：

   • 双方信息：明确写明双方当事人的姓名、身份证号、联系方式等基本信息。
   • 事故概况：简要描述事故发生的时间、地点、经过及责任认定情况（即你为主责）。
   • 赔偿项目及金额：详细列出赔偿的项目，如医疗费、误工费、护理费、车辆维修费等，并明确每项的具体金额及总赔偿金额。
   • 支付方式及期限：约定赔偿款的支付方式（如一次性支付或分期支付）及支付期限。
   • 违约责任：明确若一方未按照协议履行赔偿义务，应承担的违约责任，如支付违约金或赔偿因此造成的损失。
   • 争议解决方式：约定若双方在履行协议过程中发生争议，应通过何种方式解决，如协商、调解或诉讼。
   • 签字确认：双方当事人需在协议书上签字或盖章，并注明签字日期。

2. 手续办理流程：

   • 协商确定赔偿方案：双方根据事故责任、损失情况等，协商确定一个合理的赔偿方案。
   • 起草赔偿协议书：可以自行起草或委托律师起草赔偿协议书，确保协议内容合法、有效、明确。
   • 双方签署协议书：双方当事人在协议书上签字或盖章，并各自保留一份原件。
   • 履行赔偿义务：按照协议约定的支付方式及期限，履行赔偿义务。
   • 保留相关证据：保留好与事故相关的所有证据，如医疗费发票、维修费发票、协议书等，以备不时之需。

3. 注意事项：

   • 确保协议内容合法：赔偿协议书的内容不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效。
   • 明确赔偿范围：赔偿项目应涵盖因事故造成的所有直接损失，避免遗漏或重复计算。
   • 谨慎选择支付方式：若选择分期支付，应明确每期的支付金额及支付时间，并设置相应的保障措施，如提供担保或设置违约金等。
   • 及时履行赔偿义务：按照协议约定的期限及时履行赔偿义务，避免因逾期履行而承担违约责任。

在办理赔偿手续过程中，若遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。