约定赔偿额计算方式的法律效力总体有效，但需满足法定条件且不违反强制性规定。具体分析如下：

1. 合法性前提
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：

   • 行为人具有相应民事行为能力；
     
   • 意思表示真实；
     
   • 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
     若赔偿额计算方式符合上述条件（如双方自愿协商、未显失公平），则具有法律效力。

2. 违约金调整规则
   即使约定有效，法院仍可能根据《民法典》第585条调整赔偿额：

   • 约定过高：若赔偿额超过实际损失的30%，违约方可主张调减；
     
   • 约定过低：守约方可主张调增至实际损失范围。
     示例：合同约定逾期付款按日3%支付违约金，若实际损失仅为LPR利率，法院可能将违约金调减至合理范围。

3. 特殊情形限制

   • 格式条款无效：若赔偿额计算方式属于格式条款（如“最终解释权归甲方所有”），且未履行提示说明义务，可能被认定无效（《民法典》第496条）；
     
   • 惩罚性赔偿限制：仅法律明确规定的情形（如知识产权侵权、产品责任）可约定惩罚性赔偿，其他领域约定可能被认定无效。

4. 实务建议

   • 明确计算基数：如以“合同总金额”“实际损失”为基准，避免模糊表述；
     
   • 预留调整空间：可约定“赔偿额以实际损失为准，但不超过合同总金额的20%”；
     
   • 留存证据：签约时保留双方协商记录、损失计算依据等材料，以备争议时举证。

若需进一步分析具体合同条款或争议场景，可直接向我咨询，我会结合案例与司法实践为您详细解答。