结论：在一般情况下，起诉时不能直接将申请执行人由公司变更为法人（这里应理解为公司的法定代表人），但在特定情形下，可以通过法律途径间接追究法定代表人的责任。以下是对此问题的详细分析：

一、公司作为独立法律主体的限制

公司是一个独立的法律主体，具有独立的法人财产，并以自己的全部财产对公司的债务承担责任。这意味着，公司与其法定代表人（即法人代表）在法律上是相互独立的。因此，在起诉过程中，公司作为原告或被告时，不能直接将其变更为公司的法定代表人。因为起诉旨在解决公司与其他主体之间的争议，而公司无法与自己形成真正意义上的争议。

二、法定代表人行为的法律后果归属

法定代表人在执行公司职务时，其行为视为公司行为，法律后果由公司承担。因此，在正常情况下，公司不能起诉自己的法定代表人，因为其行为已被视为公司行为。然而，如果法定代表人的行为超出了其职权范围，或者违反了法律、行政法规或公司章程的规定，给公司造成了损失，公司可以通过内部程序追究其责任，但这并不等同于在起诉过程中直接将申请执行人变更为法定代表人。

三、特定情形下的法律途径

尽管在一般情况下不能直接将申请执行人变更为法定代表人，但在特定情形下，可以通过法律途径间接追究法定代表人的责任。例如：

1. 股东代表诉讼：当公司的合法权益受到法定代表人或其他董事、监事、高级管理人员的侵害，而公司怠于通过诉讼方式追究侵权人责任时，符合条件的股东可以依据《公司法》的相关规定，提起股东代表诉讼。这种诉讼并非由公司直接对公司提起，而是通过特定程序和主体（即股东）来实现对公司利益的救济和保护。

   • 股东代表诉讼的程序：首先，书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼；若为监事侵害公司权益，则向董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事提出书面请求。若监事会、监事或董事会、执行董事拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起三十日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将使公司利益受到难以弥补的损害，股东有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。

2. 法定代表人滥用职权损害公司或股东利益：根据《公司法》的相关规定，法定代表人执行公司职务时违反法律、行政法规或公司章程规定，给公司造成损失的，应承担赔偿责任。在这种情况下，公司可以作为原告起诉法定代表人，要求其承担赔偿责任。但需要注意的是，这仍然是以公司为原告提起的诉讼，而不是直接将申请执行人变更为法定代表人。

四、实际操作中的注意事项

• 明确诉讼主体：在起诉过程中，必须明确诉讼主体，即原告和被告。公司作为独立法律主体，应以其名义提起诉讼或作为被告应诉。
• 收集证据：为了支持自己的诉讼请求，需要收集充分的证据来证明法定代表人的行为给公司造成了损失或侵害了公司的合法权益。
• 遵循法律程序：在提起诉讼或应诉过程中，必须遵循法律程序和相关规定，确保诉讼的合法性和有效性。

总结与建议：在一般情况下，不能直接将起诉中的申请执行人由公司变更为法定代表人。但在特定情形下，如股东代表诉讼或法定代表人滥用职权损害公司利益时，可以通过法律途径间接追究法定代表人的责任。如果你面临类似的问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。