是的，报关时提交的合同原则上应当是真实、有效的合同。这是基于以下法律和实务层面的考量：

1. 法律合规性要求
   根据《中华人民共和国海关法》第二十四条，进出口货物的收发货人应当向海关如实申报，并提供与货物进出口相关的真实单证。合同作为证明交易合法性、货物权属及价格的关键文件，若提交虚假合同，可能构成《海关行政处罚实施条例》第十五条规定的“申报不实”行为，面临罚款、没收违法所得等处罚；情节严重的，还可能触犯《刑法》第一百五十三条走私普通货物罪。

2. 海关核查重点
   海关在审核报关资料时，会通过以下方式验证合同真实性：

   • 逻辑一致性：核对合同条款（如货物名称、数量、价格、贸易方式）与报关单、发票、提单等其他单证是否一致；
     
   • 交易背景审查：对高风险商品或异常交易，可能要求提供补充材料（如付款记录、物流单据）或通过国际合作核查境外交易方信息；
     
   • 价格质疑程序：若合同价格明显低于海关掌握的同类货物价格，海关有权要求企业解释并提交成本测算资料，甚至直接依据《海关审定进出口货物完税价格办法》重新估价。

3. 特殊情形下的处理
   实践中存在两类需特别注意的情况：

   • 简化申报合同：部分加工贸易企业可能使用“形式合同”报关，但需满足海关监管要求（如备案合同与实际执行合同一致），且不得用于逃避监管；
     
   • 合同变更处理：若合同在报关后发生变更（如数量增减），企业需及时向海关提交补充申报，否则可能因单货不符被处罚。

建议：企业应建立完善的单证管理制度，确保报关合同与实际交易一致，并留存完整的交易记录备查。若对合同条款或报关流程有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体贸易方式（如一般贸易、加工贸易）和商品类别提供针对性指导。