结论：员工长期医疗期工资按照约定工资的百分之40发放，不一定合法，具体是否合法需结合员工实际工作年限、医疗期时长以及当地的具体规定来判断。

分析说明：

1. 医疗期工资支付的一般原则：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关劳动法律法规，员工在医疗期内，企业应当支付其病假工资或者疾病救济费，且该费用不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定）。

2. 医疗期工资与约定工资的关系：

   • 医疗期工资并非必须按照员工原约定工资的某一固定比例（如40%）来支付。实际上，医疗期工资的支付标准应依据员工的实际工作年限、医疗期时长以及企业的相关规定（如有）和当地劳动法律法规来确定。
   • 在某些情况下，如果企业与员工在劳动合同或集体合同中有明确约定医疗期工资的支付标准，且该标准不低于当地最低工资标准的80%，那么该约定是有效的。但如果没有明确约定，或者约定低于法定标准，则企业应按照法定标准支付。

3. 针对本案例的具体分析：

   • 员工在公司工龄为2年11个月，其医疗期的具体时长需根据当地规定来确定（通常与工作年限相关）。
   • 若按照当地规定，员工应享受的医疗期工资标准高于约定工资的40%，则企业按照40%支付是违法的。
   • 若当地规定或企业与员工的约定中明确允许按照约定工资的40%支付医疗期工资，且该比例不低于当地最低工资标准的80%，则这种支付方式是合法的。但这种情况较为少见，因为通常医疗期工资的支付标准会倾向于保护员工的权益。

4. 建议与行动：

   • 员工角度：如果认为企业支付的医疗期工资低于法定标准，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 企业角度：应仔细审查当地的劳动法律法规，确保医疗期工资的支付标准符合法定要求，避免因违法支付而引发的法律风险。

特殊场景：

• 如果当地有特别规定，比如对于某些特定行业或特定情况下的员工，医疗期工资的支付标准有特殊规定，那么应优先适用这些特殊规定。

后续思考依据：

• 在处理类似问题时，应首先查阅当地的劳动法律法规，了解医疗期工资的具体支付标准。
• 同时，要关注企业与员工之间的劳动合同或集体合同中是否有关于医疗期工资的特别约定。
• 最后，结合员工的实际工作年限和医疗期时长，综合判断企业支付的医疗期工资是否合法。

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