双方同意的情况下，一般不能直接申请委托代理公证撤销，但可以通过协商一致解除委托代理关系，并视情况办理相关公证手续。以下从不同角度为你详细分析：
一、委托代理关系的解除
协商一致解除：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同。委托人或者受托人可以随时解除委托合同。这意味着，在双方同意的情况下，委托人和受托人可以通过协商一致的方式解除委托代理关系。
- 解除委托代理关系后，双方应就已进行的代理行为进行结算，并处理相关后续事宜。
法定解除情形：
- 除了协商一致解除外，还存在一些法定解除情形，如因不可抗力致使不能实现合同目的、在履行期限届满前当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行主要债务等。但在你提到的情况下，主要是双方同意解除，因此法定解除情形不是重点。
二、公证撤销的适用性
公证撤销的特定性：
- 公证撤销通常适用于公证事项本身存在错误或违法情形，需要由公证机构依法撤销公证证书的情况。例如，公证内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者公证程序存在严重违法等。
- 在委托代理关系中，如果双方只是协商一致解除委托，并没有涉及公证事项本身的错误或违法，因此一般不能直接申请公证撤销。
公证解除委托的办理：
- 如果双方希望就解除委托代理关系办理公证，可以共同向公证机构申请办理委托合同解除公证。公证机构会根据双方的申请和提供的材料，对解除委托代理关系的事实进行核实，并出具公证书。
- 这种公证并不是对原委托代理公证的撤销，而是对解除委托代理关系这一事实的确认和证明。
三、实际操作建议
协商一致：
- 双方应首先通过协商一致的方式解除委托代理关系，并就已进行的代理行为进行结算和处理后续事宜。
办理公证（如需）：
- 如果双方希望就解除委托代理关系办理公证，可以共同向公证机构申请办理委托合同解除公证。在申请时，应提供原委托代理合同、双方身份证明、解除委托的协议等相关材料。
保留证据：
- 在解除委托代理关系的过程中，双方应保留好相关证据，如协商一致的书面记录、解除委托的协议、公证证书等，以备不时之需。
总结来说，双方同意的情况下不能直接申请委托代理公证撤销，但可以通过协商一致解除委托代理关系，并视情况办理委托合同解除公证。如果你在处理此类事务时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。