结论：机动车车上人员责任保险保额设定为1000元时，在符合保险合同约定的情况下会进行赔付，但赔付金额不会超过1000元，且实际赔付金额受事故责任、免赔率、是否购买不计免赔险等因素影响。以下从多个角度详细分析：

1. 保险责任范围

机动车车上人员责任保险（俗称“座位险”）主要保障被保险车辆发生意外事故时，导致车上人员（包括驾驶员和乘客）人身伤亡的赔偿责任。若事故属于保险责任范围（如碰撞、倾覆等），且不存在免责情形（如酒驾、无证驾驶等），保险公司将根据合同约定赔付。

关键点：

• 赔付前提是事故属于保险责任且无免责事由；
  
• 保额1000元是单次事故每人赔付的上限，若多人受伤，每人最高赔1000元，但总赔付不超过合同约定的总保额（如每座1000元，5座车总保额通常为5000元）。

2. 赔付金额的限制

• 保额限制：若车上人员受伤，医疗费用或死亡伤残赔偿金额超过1000元，保险公司仅赔付1000元；若低于1000元，则按实际损失赔付。
  示例：乘客医疗费800元，保险公司赔付800元；若医疗费1500元，则赔付1000元。
  
• 免赔率影响：部分保险合同约定免赔率（如10%），若未购买不计免赔险，实际赔付金额=核定损失×(1-免赔率)。
  示例：医疗费1000元，免赔率10%，则赔付900元。

3. 与其他险种的衔接

• 交强险优先赔付：若事故涉及第三方车辆，交强险会先赔付第三方损失，剩余部分再由车上人员责任险赔付本车人员损失。
  
• 商业三者险不覆盖本车人员：商业第三者责任险仅赔付第三方损失，本车人员伤亡需通过车上人员责任险或对方车辆保险（如对方全责）赔付。

4. 特殊情形提示

• 诉讼风险：若伤者起诉要求赔偿金额超过保额，超出部分需由车主或驾驶员自行承担（除非对方全责）。
  
• 保额合理性：1000元保额较低，可能无法覆盖严重人身伤害的医疗费用，建议根据用车场景（如经常载客）适当提高保额。

建议：

1. 仔细阅读保险合同条款，确认保额、免责范围及免赔率约定；
   
2. 若发生事故，立即报警并联系保险公司定损，保留医疗票据等证据；
   
3. 如对赔付金额有争议，可要求保险公司出具书面赔付说明，或通过法律途径解决。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的赔付问题。