结论是：电信业务经营者是否有权对逾期不缴纳费用的用户加收千分之三的违约金，这主要取决于双方签订的电信服务合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 在大多数情况下，电信业务经营者与用户之间会签订电信服务合同，该合同中会明确约定服务费用、支付方式、逾期缴费的违约责任等条款。
- 如果合同中明确规定了逾期不缴纳费用时，电信业务经营者有权加收千分之三的违约金，那么这一约定是具有法律效力的，用户应当按照合同约定履行义务。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约责任的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 同时，电信业务经营者的收费行为也受到《中华人民共和国电信条例》等行政法规的规范。这些法规通常要求电信业务经营者明码标价，不得擅自改变收费标准或增加收费项目。但关于逾期缴费的违约金标准，这些法规可能并未作出具体规定，而是交由合同双方自行约定。
实际操作与合理性角度：
- 在实际操作中，电信业务经营者通常会根据自身的经营成本和风险控制需要，在合同中设定合理的违约金标准。千分之三的违约金标准是否合理，需要结合具体情况进行判断，包括但不限于逾期时间的长短、欠费金额的大小、电信业务经营者的实际损失等因素。
- 如果用户认为违约金标准过高或不合理，可以尝试与电信业务经营者进行协商，寻求降低违约金标准或采取其他补偿方式的可能性。
法律建议：
- 对于用户而言，在签订电信服务合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于逾期缴费违约责任的部分，确保自己能够理解和接受合同中的约定。
- 如果用户确实存在逾期缴费的情况，应尽快与电信业务经营者联系，说明情况并协商解决方案，以避免不必要的法律纠纷和额外费用的产生。
- 如果用户认为电信业务经营者的收费行为存在违法或不合理之处，可以向当地电信管理部门或消费者权益保护机构投诉举报，寻求帮助和支持。
可能法律后果：
- 如果用户未按照合同约定履行缴费义务，且电信业务经营者已经按照合同约定加收了违约金，用户可能需要承担支付违约金的责任。
- 如果用户长期逾期不缴费且拒不支付违约金，电信业务经营者有权采取法律手段追讨欠费和违约金，包括但不限于向法院提起诉讼、申请强制执行等。