结论：公司股东能否起诉第三方，需根据具体情况判断，一般而言，公司是合同相对方，应由公司起诉，但在特定情形下股东也可起诉。以下为详细分析：
一、合同相对性原则下的起诉主体
从合同相对性原则出发，公司委托第三方办理贷款，公司与第三方之间形成了委托合同关系。贷款下来后第三方扣了 50 万没给公司，这是基于委托合同产生的纠纷，合同相对方是公司和第三方。在这种情况下，原则上应由公司作为起诉主体，向第三方主张权利，要求其返还被扣的 50 万款项。因为合同的权利义务是针对合同双方设定的，公司是委托合同中委托事项的直接权利人和义务人，所以公司有权依据委托合同向第三方提起诉讼。
二、股东可起诉的特定情形
- 股东代表诉讼
- 适用条件：如果第三方的不当行为损害了公司利益，而公司又怠于行使诉权，即公司董事会、监事会等公司内部治理机构不履行或者怠于履行职责，没有及时对第三方提起诉讼以维护公司利益。在这种情况下，符合法定条件的股东可以为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
- 法律依据：根据《公司法》相关规定，有限责任公司的股东、股份有限公司连续一百八十日以上单独或者合计持有公司百分之一以上股份的股东，在符合特定条件时可以提起股东代表诉讼。例如，当公司董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失，而公司又怠于追究其责任时，股东可以提起代表诉讼。虽然本题中是第三方扣款，但如果该行为与公司内部人员存在关联或者公司内部人员存在过错导致第三方有机可乘，且公司怠于行使权利，股东也可考虑提起股东代表诉讼。
- 举例说明：假设公司委托第三方办理贷款过程中，公司某高管与第三方勾结，导致第三方扣款 50 万，而公司董事会明知此事却因该高管的影响力而不采取行动，此时符合条件的股东就可以为了公司利益，以自己名义起诉第三方，要求其返还 50 万款项。
- 股东直接诉讼（特殊情况）
- 适用条件：如果第三方的扣款行为不仅损害了公司利益，还直接损害了股东个人的利益，且这种损害与股东身份密切相关，股东可以直接以自己的名义起诉第三方。不过这种情况相对较为少见，需要满足严格的条件。例如，第三方扣款行为是基于与股东个人的某种特殊约定或者恶意针对股东个人权益进行侵害。
- 举例说明：若第三方在办理贷款过程中，与公司股东个人存在某种私下协议，约定贷款下来后给股东一定好处，但第三方却违反该协议扣款 50 万，且该行为明显是针对股东个人权益，此时股东可能可以直接起诉第三方。但这种情况在一般的公司委托第三方办理贷款业务中较少出现。
三、法律建议
- 公司角度：公司应首先评估自身与第三方之间的合同关系，收集相关证据，如委托合同、贷款到账记录、第三方扣款凭证等，然后以公司名义向第三方发出催告函，要求其返还被扣款项。如果第三方拒绝返还，公司应及时向人民法院提起诉讼，维护自身合法权益。
- 股东角度：股东在发现第三方扣款行为后，应先与公司沟通，了解公司是否打算采取法律行动。如果公司怠于行使权利，股东应收集相关证据，证明第三方行为损害公司利益且公司怠于起诉，同时确认自己是否符合股东代表诉讼的法定条件。如果符合条件，股东可以向人民法院提起股东代表诉讼。在诉讼过程中，股东应注意诉讼程序和证据的合法性、有效性。
如果公司股东在处理此类问题时遇到疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律指导。