中介机构编造虚假材料帮助企业申报高新技术企业（高企）的，将面临行政处罚、民事赔偿及刑事责任追究等多重法律后果。具体分析如下：

1. 行政处罚
   根据《高新技术企业认定管理办法》及《高新技术企业认定管理工作指引》，中介机构若存在编造虚假材料、协助企业弄虚作假等行为，认定机构将：

   • 通报批评：对中介机构进行公开通报，并纳入黑名单管理；
     
   • 限制参与认定工作：在一定期限内禁止其参与高企认定相关业务；
     
   • 移送相关部门处理：将违法线索移交至市场监管、税务等部门，依据《公司登记管理条例》《税收征收管理法》等规定，对中介机构处以罚款、没收违法所得，甚至吊销营业执照或执业资格。
     例如：若中介机构通过伪造知识产权证书、虚构研发费用等方式帮助企业骗取高企资质，可能被处以违法所得1-5倍的罚款，情节严重的吊销资质。

2. 民事赔偿责任
   若企业因中介机构编造虚假材料导致申报失败或被撤销高企资格，企业可依据《民法典》第1165条（过错责任原则）要求中介机构：

   • 赔偿直接损失：如申报费用、已享受的税收优惠返还等；
     
   • 赔偿间接损失：如因资质撤销导致的商业机会丧失、信誉损害等（需企业举证证明因果关系）。
     例如：企业因中介机构伪造材料被取消高企资格后，需补缴已减免的企业所得税，可要求中介机构承担该部分税款及滞纳金。

3. 刑事责任风险
   若中介机构行为涉嫌犯罪，可能被追究刑事责任：

   • 提供虚假证明文件罪（《刑法》第229条）：中介机构故意提供虚假证明文件，情节严重的，对其直接负责的主管人员和其他责任人员处5年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
     
   • 出具证明文件重大失实罪：若因严重不负责任导致证明文件重大失实，造成严重后果的，处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
     
   • 诈骗罪共犯：若中介机构与企业合谋骗取高企补贴或税收优惠，可能以诈骗罪共犯论处，最高可处无期徒刑。
     例如：中介机构与企业串通，通过虚构研发项目骗取政府补贴数百万元，可能构成诈骗罪，中介机构相关人员需承担刑事责任。

建议：中介机构应严格遵守法律法规，杜绝编造虚假材料行为；企业若发现中介机构违规，应及时终止合作并保留证据，必要时通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。