结论：关于父亲有案底的情况，通常是在政审环节进行说明，而非在提交申请书时。但具体说明时机可能因不同情况（如报考岗位性质、申请事项类型等）而有所差异，以下从多个角度进行分析说明。

一、一般情况下的政审说明

1. 政审环节的必要性：

   • 政审是考察个人政治表现、道德品质、遵纪守法情况等的重要环节，对于涉及国家安全、公共安全、重要岗位等的工作或学习申请，政审是必不可少的。
   • 在政审过程中，相关部门会要求申请人提供家庭成员的相关信息，包括是否有违法犯罪记录等，以评估申请人的政治可靠性和道德品质。

2. 说明时机的选择：

   • 提交申请书时：通常，在提交申请书时，并不需要主动说明父亲有案底的情况。申请书主要关注的是申请人自身的资格、条件、经历等，家庭成员的情况一般不在此阶段详细说明。
   • 政审环节：在进入政审环节后，相关部门会明确要求申请人提供家庭成员的相关信息，包括是否有违法犯罪记录。此时，申请人应如实说明父亲有案底的情况，并提供相关证明材料（如法院判决书、释放证明等）。

二、特殊情况下的说明时机

1. 报考特殊岗位：

   • 如果报考的是涉及国家安全、公共安全、司法机关等特殊岗位，这些岗位对政审的要求更为严格。在提交申请时，可能就需要主动说明家庭成员的情况，包括父亲是否有案底。
   • 这是因为这些岗位对申请人的政治可靠性和道德品质有着极高的要求，任何可能影响申请人政治表现的因素都需要提前说明。

2. 申请特殊事项：

   • 如果申请的是涉及国家安全、公共利益等特殊事项，如申请出国定居、加入外国国籍等，也可能需要在提交申请时主动说明家庭成员的情况。
   • 这是因为这些事项涉及国家利益和公共安全，相关部门需要对申请人的背景进行全面审查。

三、法律建议与后果

1. 法律建议：

   • 在任何情况下，都应如实说明父亲有案底的情况，不要隐瞒或虚假陈述。隐瞒或虚假陈述可能导致政审不合格，甚至可能面临法律责任。
   • 如果不确定何时需要说明父亲有案底的情况，可以咨询相关部门或机构，了解具体的政审要求和流程。

2. 可能后果：

   • 如果未如实说明父亲有案底的情况，且在政审过程中被发现，可能导致政审不合格，从而失去申请资格或工作机会。
   • 在某些情况下，隐瞒或虚假陈述还可能构成违法行为，如伪造证明材料、提供虚假信息等，将面临法律制裁。

总结与进一步思考：父亲有案底的情况通常是在政审环节进行说明，但具体说明时机可能因不同情况而有所差异。在申请过程中，应如实提供相关信息，不要隐瞒或虚假陈述。如果有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。