结论：公司规定病假需三甲医院出具，而您仅有一甲医院的病假证明，这种情况下，是否有效需视公司规章制度的具体内容、制定程序以及您的实际情况而定。以下从多个角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 规章制度内容：首先，需要审查公司规章制度中关于病假证明的具体要求。如果规章制度明确规定病假证明必须由三甲医院出具，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么从公司内部管理的角度来看，一甲医院的病假证明可能不符合公司要求。
   • 规章制度制定程序：其次，要考察公司规章制度的制定程序是否合法。根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果公司规章制度未经上述程序制定或修改，可能面临被认定为无效的风险。

2. 劳动者权益的角度：

   • 病假权益：劳动者享有休息休假的权利，包括因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时的病假权益。如果劳动者确实患病需要休息，且已按照合理方式（如前往就近医院就诊）获取了病假证明，那么公司应尊重劳动者的病假权益。
   • 合理性审查：在判断一甲医院病假证明是否有效时，应考虑其合理性。如果一甲医院具备相应的医疗条件和资质，且其出具的病假证明真实反映了劳动者的病情和需要休息的时间，那么公司不应仅因医院等级而否定其效力。

3. 实际操作建议：

   • 与公司沟通：建议您首先与公司人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明您的情况，并提供一甲医院的病假证明及相关医疗记录。尝试协商达成一个双方都能接受的解决方案，如认可一甲医院的病假证明或允许您后续补交三甲医院的病假证明。
   • 寻求法律援助：如果公司坚持不认可一甲医院的病假证明，且您认为公司的行为侵犯了您的合法权益，您可以考虑向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。在投诉或寻求法律援助时，请准备好相关证据材料，如病假证明、医疗记录、公司规章制度等。

总结与进一步思考：在处理此类问题时，应综合考虑公司规章制度、劳动者权益以及实际情况等多个因素。作为劳动者，您有权享受病假权益；作为公司，也有权制定合理的规章制度来管理员工。在双方发生争议时，应通过沟通、协商或法律途径来解决问题。如果您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。