亲子鉴定显示儿子非亲生，通常意味着根据科学检测，被检测的男性与孩子之间不存在生物学上的父子关系。这种情况可能由以下几种原因导致，我将从法律和生物学角度为你详细分析：

1. 孩子出生时存在抱错或医院管理失误
   若亲子鉴定排除生物学父子关系，但夫妻双方均无出轨行为，需排查医院是否存在管理疏漏（如新生儿标识错误、抱错婴儿等）。此类情况虽罕见，但实践中确有发生。根据《民法典》第1218条，医疗机构若因过错导致患者损害，需承担赔偿责任。若发生此类事件，可依法主张精神损害赔偿及实际损失（如亲子鉴定费用、寻亲费用等）。

2. 妻子在婚姻关系存续期间与他人发生关系并生育
   这是最常见的原因。若亲子鉴定排除生物学父子关系，且能证明妻子在婚姻关系存续期间与他人发生关系并生育，则涉及多重法律问题：

   • 婚姻关系层面：根据《民法典》第1079条，若“重婚或者与他人同居”导致感情破裂，可作为离婚的法定理由，且无过错方有权请求损害赔偿。
     
   • 财产分割层面：根据《民法典》第1087条，离婚时财产分割会向无过错方倾斜，无过错方可主张多分财产。
     
   • 抚养费返还层面：若男方误以为孩子是亲生而履行抚养义务，可依据《民法典》第985条主张返还抚养费（需提供支付凭证、亲子鉴定报告等证据）。
     
   • 精神损害赔偿层面：若妻子行为构成重大过错，男方可依据《民法典》第1183条主张精神损害赔偿（需证明精神损害后果，如抑郁、社会评价降低等）。

3. 鉴定样本被污染或鉴定机构操作失误
   亲子鉴定结论的准确性依赖于样本的完整性和鉴定机构的规范性。若对鉴定结论存疑，可申请重新鉴定（需选择具有司法鉴定资质的机构），并注意以下要点：

   • 样本采集：需由专业人员采集，避免污染或混淆（如使用同一棉签采集多人样本）。
     
   • 鉴定流程：需符合《司法鉴定程序通则》要求，包括双人操作、盲测、复核等环节。
     
   • 结果异议：若重新鉴定结论与原结论不一致，可依据《民事诉讼法》第78条申请鉴定人出庭作证，或通过诉讼程序解决争议。

行动建议：

• 若怀疑鉴定结论，优先申请重新鉴定（选择不同机构），并保留原鉴定报告、样本采集记录等证据。
  
• 若确认非亲生，需冷静处理，避免冲突，可先通过律师向妻子发送《律师函》，要求说明情况并协商解决方案。
  
• 若协商无果，可依法提起离婚诉讼，并主张损害赔偿、抚养费返还及精神损害赔偿（需提前收集证据，如聊天记录、开房记录、证人证言等）。
  

亲子鉴定非亲生的结论可能引发家庭危机，但通过法律途径可最大限度维护自身权益。若有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。