承包人种果树亏本，在符合法定条件的情况下可以申请破产。具体分析如下：

1. 破产的适用主体与条件
   根据《中华人民共和国企业破产法》第二条，破产程序适用于“企业法人”及“其他组织”（如合伙企业、个人独资企业等）。若承包人以企业法人形式（如公司）经营果树种植，因亏本导致“不能清偿到期债务，且资产不足以清偿全部债务或明显缺乏清偿能力”，可依法申请破产。
   若承包人为自然人（如个体工商户），则需依据《中华人民共和国民法典》及个人破产制度试点规定（如深圳、浙江等地）申请个人破产，但需满足当地试点条件（如债务规模、诚信记录等）。

2. 破产程序的启动

   • 企业法人：需向法院提交破产申请书、财产状况说明、债权债务清册等材料，由法院审查后裁定是否受理。
     
   • 自然人：在试点地区需通过指定程序（如债务清理、信用考核）后，方可申请个人破产。

3. 破产后的法律后果

   • 债务清理：法院指定管理人接管财产，通过拍卖、变卖等方式清偿债务，剩余债务可能依法免除（企业法人）或按个人破产程序处理（自然人）。
     
   • 经营限制：破产期间，承包人可能被限制高消费、担任企业高管等，具体依法律规定执行。

4. 实务建议

   • 提前规划：若预见到亏本风险，可通过协商债务重组、延期还款等方式避免破产。
     
   • 法律咨询：破产程序涉及复杂法律问题，建议提前梳理财产、债务清单，并咨询律师制定方案。
     

总结：承包人种果树亏本后，若符合法定破产条件（企业法人或试点地区自然人），可依法申请破产以清理债务，但需承担相应法律后果。具体操作需结合主体类型、地区政策及案件细节综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。