关于“永久不留窗户的协议合同是否有效”的问题，结论是：合同的有效性并不取决于是否约定“永久不留窗户”这一具体条款，而是取决于合同的整体内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否违反法律强制性规定或公序良俗。以下从不同角度详细分析：

1. 合同有效性的基本原则

• 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗。因此，合同中是否约定“永久不留窗户”并非判断合同有效性的直接依据，关键在于该条款是否违反上述原则。
• 举例：若双方约定“永久不留窗户”是基于真实意思表示，且不涉及违法或违背公序良俗的内容（如不涉及建筑安全、消防规范等），则该条款可能有效。但若该条款违反建筑法规（如要求必须留窗以保证通风采光），则可能因违法而无效。

2. “永久不留窗户”条款的合法性分析

• 建筑法规限制：根据《中华人民共和国建筑法》及相关规范，建筑物通常需满足通风、采光等基本要求。若“永久不留窗户”的约定导致建筑物不符合这些要求，则该条款可能因违反强制性规定而无效。
• 合同目的与公平性：若该条款导致合同目的无法实现（如房屋因无窗而无法居住），或显失公平（如一方利用优势地位强迫另一方接受），则可能被认定为无效或可撤销。
• 举例：若双方约定“永久不留窗户”是为了规避建筑安全检查，则该条款因违法而无效；若双方仅就某一特定房间（如储藏室）约定不留窗，且不影响整体使用，则可能有效。

3. 合同整体有效性与部分条款无效的关系

• 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。因此，即使“永久不留窗户”的条款无效，也不必然导致整个合同无效，除非该条款是合同的核心条款。
• 举例：若合同主要约定房屋买卖，仅附带“永久不留窗户”的条款，且该条款无效不影响房屋买卖的效力，则合同其他部分仍有效。

4. 实务建议

• 明确条款目的：在签订合同时，应明确“永久不留窗户”的具体目的（如装饰、隐私保护等），并确保不违反法律强制性规定。
• 咨询专业意见：若涉及建筑安全、消防规范等复杂问题，建议咨询建筑师或法律专业人士，以确保条款合法有效。
• 保留证据：若因该条款产生纠纷，应保留合同原文、沟通记录等证据，以便维权。

总结：合同的有效性需综合判断，“永久不留窗户”的条款本身不直接决定合同效力，但需确保其合法、真实且不违背公序良俗。若您有具体合同或纠纷，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供详细法律分析。