辅导员收三方协议是否合理，这主要取决于具体情境和学校的规定，但通常情况下，辅导员并不应直接收取学生的三方协议。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、三方协议的性质与目的

三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。它主要用于解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题，是毕业生与用人单位之间确立劳动关系的初步意向，并不等同于劳动合同。

二、辅导员的角色与职责

辅导员在学校中主要承担学生思想政治教育、日常管理、心理健康辅导以及就业指导等工作。在就业方面，辅导员可以为学生提供就业信息、组织招聘会、进行就业指导等，但并不直接参与学生与用人单位之间的签约过程，也不应直接收取学生的三方协议。

三、辅导员收三方协议可能存在的问题

1. 程序不当：三方协议的签订是毕业生与用人单位之间的双向选择过程，辅导员作为第三方，直接收取协议可能干扰了这一过程的公正性和透明性。
2. 责任不清：如果辅导员在收取协议过程中出现失误或遗漏，可能导致学生的权益受损，且责任难以界定。
3. 违反规定：许多学校都有明确规定，禁止辅导员直接收取学生的三方协议，以避免潜在的风险和纠纷。

四、合理做法与建议

1. 学生应直接与用人单位签订协议：毕业生应直接与用人单位进行沟通，了解签约流程和要求，并按照规定签订三方协议。
2. 辅导员提供指导和支持：辅导员可以在学生签约过程中提供必要的指导和支持，如解答疑问、提供就业信息等，但不应直接参与签约或收取协议。
3. 学校应加强管理和监督：学校应建立健全就业管理制度，明确辅导员在就业工作中的职责和权限，加强对签约过程的监督和管理，确保学生的权益得到保障。

五、特殊情况处理

如果学校或辅导员有特殊规定或要求，如需要统一收集三方协议进行盖章或备案等，应明确告知学生并征得学生的同意。同时，学校或辅导员应确保这一过程符合相关规定和程序，避免给学生带来不必要的麻烦和损失。

总结来说，辅导员通常不应直接收取学生的三方协议。如果学生在签约过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和指导。