针对您提出的问题，即分开几年了没结婚证，小孩上男方户口，在已经有了亲子鉴定的情况下，是否还需要母亲按手印，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据公安部《户口居民身份证管理工作规范(试行)》的相关规定，对于非婚生育的子女，如果随父亲申报出生登记，那么需要一并提供具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明。这是为了确认父子关系的真实性，确保户口登记的准确性。

接下来，关于您提到的“母亲按手印”的问题，这通常不是户口登记的直接要求。户口登记主要关注的是证明亲子关系的文件，如亲子鉴定证明，以及父母的身份证明文件，如居民户口簿等。母亲按手印可能是在某些特定情况下，作为对某些文件或声明的确认方式，但它并不是户口登记的必需环节。

然而，在实际操作中，不同地区的公安派出所可能会有一些细微的差别或额外的要求。有些地方可能会要求母亲在非婚生育说明或其他相关文件上签字或按手印，以作为对非婚生育情况的确认。但这并不是全国统一的要求，而是根据地方的具体规定和操作流程来决定的。

因此，我建议您在办理小孩上男方户口的手续时，先咨询当地公安派出所的具体要求和流程。他们可以为您提供最准确、最权威的信息，并指导您如何准备相关文件和材料。

总的来说，虽然母亲按手印不是户口登记的直接要求，但为了确保手续的顺利进行，您最好还是提前了解并遵循当地公安派出所的具体规定和要求。希望这个解答能够对您有所帮助。