经济补偿金的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：

一、应发工资与实发工资的区别

• 应发工资：指劳动者在正常提供劳动的情况下应得的劳动报酬，它包含了基本工资、加班工资、奖金、津贴、补贴等各项收入，是未扣除个人所得税、社保、公积金等费用之前的工资总额。例如，若员工每月基本工资5000元，本月绩效奖金1000元，交通补贴300元，那么他的应发工资就是6300元。
• 实发工资：是劳动者实际到手的工资，它是应发工资扣除个人所得税、社保、公积金等费用后的金额。以上述例子为例，若员工本月需缴纳个人所得税200元、社保400元、公积金500元，那么他本月的实发工资就是6300 - 200 - 400 - 500 = 5200元。

二、经济补偿金按应发工资计算的原因

经济补偿的目的是为了弥补劳动者因劳动合同解除或终止而可能遭受的经济损失，保障劳动者的基本生活。采用应发工资计算更能全面反映劳动者在正常工作时的实际收入水平，使劳动者在经济补偿上得到更合理的保障。如果按照实发工资计算，由于实发工资已经扣除了各种费用，可能会导致劳动者获得的经济补偿金偏低，无法充分体现其应有的权益。

三、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定：“劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。”这一规定明确了经济补偿金的计算基数是应发工资。

四、特殊情况处理

• 若劳动者在劳动合同解除或终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准，那么经济补偿金的计算将按照当地最低工资标准进行。
• 若劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数来计算平均工资。
• 对于月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

五、实际操作建议

在实际操作中，用人单位和劳动者都应明确经济补偿金的计算基数是应发工资，以确保经济补偿金的正确计算和支付。如果用人单位或劳动者对经济补偿金的计算有疑问，可以查阅相关法律法规或咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于劳动纠纷领域，能够为您提供专业的法律意见）。

综上所述，经济补偿金的计算基数是应发工资，这一规定旨在全面反映劳动者的劳动报酬情况，确保劳动者在解除或终止劳动合同时获得公平合理的补偿。