结论：在建设工程施工合同纠纷中，可以起诉控股的法人独资企业，但需满足一定的法律条件和程序。以下是对此问题的详细分析：

一、起诉的法律依据与条件

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，平等主体之间的民事纠纷，包括建设工程施工合同纠纷，均可通过诉讼方式解决。

2. 起诉条件：

   • 原告资格：您必须是与本案有直接利害关系的公民、法人或其他组织。例如，如果您是承包方，因发包方（即控股的法人独资企业）未支付工程款而受损，则您具备原告资格。
   • 明确被告：需提供被告的准确名称、地址、联系方式等信息。在此情况下，被告即为控股的法人独资企业。
   • 具体诉讼请求与事实理由：诉讼请求应明确，如请求支付工程款及逾期利息；事实和理由需详细描述合同签订、履行情况及违约行为。
   • 管辖与受理范围：建设工程施工合同纠纷按不动产纠纷确定管辖，通常由工程所在地人民法院专属管辖。

二、起诉控股法人独资企业的特殊考虑

1. 法人资格：

   • 控股的法人独资企业作为独立的法人实体，具有独立的民事权利能力和民事行为能力。因此，您可以将其作为被告提起诉讼。

2. 控股关系的影响：

   • 控股关系本身并不影响您起诉法人独资企业的权利。但是，如果您认为控股股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的行为，您还可以考虑依据《公司法》的相关规定，追究控股股东的连带责任。不过，这需要额外的证据和法律程序。

三、起诉前的准备与注意事项

1. 证据收集：

   • 在起诉前，您应尽量收集充分的证据，如合同文本、施工记录、验收报告、付款凭证等，以初步证明您主张的事实。这些证据对于案件的胜诉至关重要。

2. 起诉状撰写：

   • 起诉状需清晰表述您的诉讼请求、事实和理由。不符合要求的起诉状可能影响立案，因此建议您在撰写时咨询专业律师或参考相关模板。

3. 协商与调解：

   • 在决定起诉前，您可以尝试通过协商或调解解决纠纷。这有助于节省时间和成本，并可能避免不必要的法律程序。如果协商无果，再考虑法律途径。

四、法律分析与实际应用

1. 法律条款解读：

   • 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，明确建设工程施工合同纠纷的管辖原则，确保案件由正确的法院受理。同时，依据《公司法》的相关规定，分析控股股东是否可能承担连带责任。

2. 证据的重要性：

   • 证据的充分性对于案件的胜诉至关重要。除了合同原件、双方沟通记录、财务往来凭证等基本证据外，您还应考虑收集其他可能支持您主张的证据，如专家鉴定意见、证人证言等。

3. 诉讼策略：

   • 合理的诉讼策略应包括明确的诉讼请求、详实的事实陈述、法律依据的引用，以及对对方可能提出的抗辩进行预判和回应。在起诉控股法人独资企业时，您还应考虑是否同时追究控股股东的责任，以及如何收集相关证据来支持这一主张。

总结与建议：在建设工程施工合同纠纷中，您可以起诉控股的法人独资企业，但需满足一定的法律条件和程序。在实际操作中，建议您注重证据的收集和起诉状的规范撰写，同时考虑先通过协商或调解解决纠纷。若协商无果，则应坚决采取法律手段维护自身权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。