关于违反保密协议时违约金的支付及具体金额问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、违约金的支付原则
首先，违约金的支付应遵循保密协议中的明确约定。如果协议中已经规定了具体的违约金数额或计算方式，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么违约方就需要按照协议来支付违约金。
二、违约金数额的确定方式
协议约定：保密协议中的违约金数额可以是一个具体金额，也可以是基于一定基数（如员工月工资、年收入或项目金额）的倍数计算方法。这种约定应体现双方的真实意愿，并考虑到商业秘密的价值、接触程度以及潜在损失等因素。
实际损失考量：如果协议中没有约定违约金或约定的违约金不足以弥补实际损失，受损方有权主张根据实际损失来计算违约金。这要求受损方提供充分证据来证明因违约行为所遭受的直接和间接损失，如利润减少、恢复商业信誉的费用等。
行业惯例与法律规定：在确定违约金数额时，还可以参考特定行业或地区的惯例或指导性规定。同时，必须确保所确定的违约金数额符合相关法律规定，特别是关于违约金上限或合理性的规定。例如，根据《民法典》的相关规定，违约金不应过分高于实际损失，通常不超过损失的30%。
三、影响违约金数额的具体因素
违约损失的大小：这是决定违约金数额的核心因素。如果违约行为导致了重大的经济损失或商业机会的丧失，违约金数额可能会相应较高。
当事人的经济状况与支付能力：违约方的经济状况和支付能力也是考量因素之一。如果违约方经济状况良好、支付能力强，违约金可以适当增加；反之，则应相应减少，以确保违约金的合理性和可执行性。
合同的履行情况：如果合同在履行过程中表现良好，没有违约或瑕疵行为，那么在设定违约金时可以适当增加，以示对诚信履行的鼓励；若存在履行瑕疵或违约历史，则应谨慎设定违约金数额。
四、司法调整的可能性
如果约定的违约金数额过高或过低，法院或仲裁机构有权根据申请进行适当调整。当违约金超过造成损失的30%时，通常会被视为“过分高于造成的损失”，法院可能会予以减少；反之，如果违约金低于实际损失，守约方可以要求增加。
五、实际操作建议
充分沟通协商：在签订保密协议时，双方应充分沟通、协商违约金条款，确保条款的合理性和有效性。
寻求专业法律意见：由于违约金数额的确定涉及复杂的法律问题和商业考量，建议寻求专业法律人士的意见和帮助，以避免潜在的法律风险。
保留相关证据：在合同履行过程中，双方应保留好与商业秘密保护、违约行为及损失相关的证据，以便在发生纠纷时能够充分证明自己的主张。
综上所述，违反保密协议时违约金的支付及具体金额问题需要根据协议约定、实际损失、行业惯例与法律规定以及公平性与合理性原则来综合考量。希望以上解答能够对您有所帮助。