若被判处注射死刑的罪犯不配合执行，司法机关会依法采取强制措施确保执行顺利进行，同时严格保障其合法权益。具体分析如下：

1. 法律对执行程序的严格规定
   根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，死刑执行必须遵循法定程序。若罪犯拒绝配合（如拒绝被固定在执行床上、抗拒注射等），执行人员会首先进行劝导和法律告知，明确其配合义务及抗拒执行的后果。若劝导无效，司法警察或法警将依法采取必要的强制措施，包括但不限于物理约束（如使用约束带固定肢体），以确保执行程序不受干扰。

2. 强制措施的合法性与限度
   强制措施的实施必须严格遵循比例原则，即仅使用足以控制罪犯行为的最小必要力度，避免造成不必要的痛苦或伤害。例如，若罪犯仅轻微挣扎，可能仅需增加人手固定；若激烈反抗导致自伤或威胁他人安全，则可能使用更严格的约束工具。整个过程需由法医全程监督，确保符合人道主义要求。

3. 对罪犯合法权益的保障
   即使罪犯不配合，司法机关仍需履行以下义务：

   • 告知权利：执行前需再次告知其有权申请会见亲属、提出最后陈述或遗言等；
     
   • 医疗监护：法医需全程监测罪犯生命体征，确保注射药物剂量准确、执行方式符合规范；
     
   • 隐私保护：执行过程需在封闭场所进行，避免无关人员围观或泄露隐私。

4. 极端情况的应对
   若罪犯因精神疾病、药物反应等原因丧失配合能力（如昏迷、抽搐），执行机关会暂停执行，由医疗专家评估其状态。若确认罪犯无法恢复意识，可能依法变更执行方式（如改用其他法定死刑执行方法），或中止执行并报请最高人民法院裁定。

总结：死刑执行是严肃的司法行为，司法机关会通过合法、必要的强制措施确保程序顺利进行，同时始终以保障人权为底线。若您对死刑执行程序或刑事诉讼法律有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细解答。