有限公司（有限责任公司）与有限公司自然人控股（通常指自然人投资或控股的有限责任公司）的主要区别，可以从以下几个方面进行阐述：

1. 股东构成与决策机制

   • 有限公司：股东可以是自然人、法人或其他经济组织，数量上可以是两个或两个以上。股东通过股东会参与公司决策，决策过程相对民主，能够集合多方智慧和资源。
   • 有限公司自然人控股：虽然也是有限责任公司的一种，但特别强调了股东为自然人，且通常意味着自然人股东在公司中占据控股地位。决策机制上，虽然仍需遵循公司章程和股东会决议，但控股股东的意见往往具有决定性作用。

2. 法律责任承担

   • 两者在法律责任上基本相同：股东均以其认缴的出资额为限对公司承担责任，公司以其全部财产对公司的债务承担全部责任。然而，在有限公司自然人控股的情况下，如果控股股东无法证明公司财产与个人财产独立，则可能需对公司债务承担连带责任。

3. 公司治理结构

   • 有限公司：通常包括股东会、董事会（或执行董事）和监事会（或监事），各机构之间相互制约、监督，确保公司正常运营。
   • 有限公司自然人控股：治理结构可能相对简化，尤其是当控股股东同时担任公司董事或监事时。但即便如此，仍需遵循公司法关于公司治理结构的基本要求，确保公司决策的合法性和合规性。

4. 财务审计要求

   • 有限公司：一般情况下无强制财务审计要求，但在特定情形（如公司合并、分立、清算等）或根据公司章程、股东会决议等，可能需要进行审计。
   • 有限公司自然人控股：虽然法律上并未特别规定其必须进行财务审计，但考虑到控股股东可能对公司财务状况有更大影响力，因此在实际操作中，公司可能会更倾向于进行定期财务审计，以确保财务透明度和合规性。不过，若该公司属于一人有限责任公司（即只有一个自然人股东的有限责任公司），则每年必须编制财务会计报告，并经会计师事务所审计。

5. 设立与变更程序

   • 两者在设立与变更程序上基本相同：均需遵循公司法关于公司设立和变更的基本规定，包括制定公司章程、向公司登记机关申请设立登记或变更登记等。然而，在有限公司自然人控股的情况下，如果控股股东发生变化，可能需要更详细地披露相关信息，以确保公司治理结构的稳定性和透明度。

6. 设立数量限制（针对一人有限责任公司情形）

   • 若有限公司自然人控股实际上指的是一人有限责任公司：则一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司，且该一人有限责任公司不能投资设立新的一人有限责任公司。这一规定旨在避免风险过度集中，损害债权人利益。而普通的有限公司则无此限制。

总结与建议：

有限公司与有限公司自然人控股在股东构成、法律责任、公司治理结构、财务审计要求以及设立与变更程序等方面存在细微差别。在选择公司形式时，投资者应根据自身需求、业务规模、资金需求及管理成本等因素综合考虑。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供个性化的法律服务。