电摩改装店是否违法，需根据改装的具体内容和是否符合相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、非法改装的情形
改变动力系统：
- 若电摩改装店对电摩的电机、电池等动力系统进行改装，如更换更大功率的电机，这属于违法行为。此类改装会使电摩的速度、动力等性能超出原有安全标准设定，增加行驶风险，并改变了车辆的出厂安全技术参数，违反了《中华人民共和国道路交通安全法》中关于不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征的规定。
改变外观标识：
- 更改电摩的外观颜色、形状，尤其是改变车辆原本的标志、标识等，可能影响对车辆的正常识别以及登记信息对应的部分，同样属于违法改装行为。这会干扰交通管理部门对车辆的正常管理。
涉及安全装置改装：
- 拆除或改装电摩的限速装置、刹车装置等安全设备，会严重影响车辆的安全性能，威胁骑行者及道路上其他交通参与者的安全，也是明确的违法行为。
二、合法改装的情形
- 在符合相关规定和标准的前提下，电摩改装店进行一些不影响电摩安全性能的加装，通常是被允许的。例如，安装符合安全标准的后视镜、储物装置等功能性配件。但务必确保这些加装不会改变车辆的主要安全技术参数，也不会造成安全隐患。
三、改装程序与规定
- 即使是对电摩进行合法的改装，电摩改装店也需要遵守一定的程序和规定。具体包括：
- 提交申请：改装前需要向相关部门提交申请，并获得批准后才能进行改装。
- 检验与登记：改装完成后，需要进行检验和登记，确保改装后的车辆符合相关标准和要求。
四、法律后果与建议
- 非法改装的法律后果：非法改装电摩可能面临罚款、扣留车辆等处罚，且在发生交通事故时，非法改装可能影响责任认定和保险理赔。
- 建议：因此，建议电摩改装店在进行改装前务必了解相关法规，并确保改装合法合规。同时，车主在选择改装店时也应谨慎，选择有合法资质和良好信誉的改装店进行改装。
五、地区差异与特别提示
- 值得注意的是，不同地区可能对电摩的改装有更具体的规定和限制。因此，电摩改装店和车主在进行改装之前，应详细了解当地的相关法规和政策。
综上所述，电摩改装店是否违法取决于改装的具体内容和是否符合相关法律法规。在进行电摩改装时，务必确保改装行为合法合规，以避免不必要的法律风险和麻烦。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。