三方协议中使用电子章是有效的，但需满足一定条件。以下从不同角度为您详细分析：

一、电子章的法律效力基础

根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子签名（包括电子章）与手写签名或者盖章具有同等的法律效力，但前提是电子签名需符合以下条件：

1. 真实身份：电子签名制作数据用于电子签名时，属于电子签名人专有；
2. 签署时控制：签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制；
3. 签署后改动可发觉：签署后对电子签名的任何改动能够被发现；
4. 签署后内容改动可发觉：签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现。

若电子章满足上述条件，则其在三方协议中的使用是有效的，具有与手写签名或盖章同等的法律效力。

二、三方协议的特殊性

三方协议，通常涉及三个独立的法律主体，每个主体都需要在协议上签名或盖章以表示同意协议内容。在使用电子章时，需确保：

1. 各方同意：所有参与方都明确同意使用电子章进行签署，这通常需要在协议中明确约定；
2. 技术保障：采用可靠的技术手段确保电子章的真实性、完整性和不可否认性，如使用数字证书、时间戳等；
3. 证据留存：妥善保存电子章的签署记录和相关证据，以备在发生争议时作为证明。

三、实际操作中的注意事项

1. 选择合规平台：使用经过认证的电子签名平台或服务提供商，这些平台通常具备完善的技术保障和法律合规性；
2. 明确约定：在三方协议中明确约定使用电子章进行签署，并说明电子章的法律效力和认可方式；
3. 验证身份：在签署前，通过可靠的方式验证各方的身份，确保签署人的真实性和合法性；
4. 保存证据：妥善保存电子章的签署记录、数字证书、时间戳等证据，以备不时之需。

四、可能的风险及应对

尽管电子章在法律上是有效的，但在实际操作中仍可能面临一些风险，如技术故障、身份冒用等。为应对这些风险，建议：

1. 定期更新技术：采用最新的电子签名技术，确保系统的安全性和稳定性；
2. 加强身份验证：采用多因素身份验证方式，提高身份验证的准确性和可靠性；
3. 建立应急机制：制定应对技术故障或身份冒用的应急预案，确保在发生问题时能够及时采取措施。

总结来说，三方协议中使用电子章是有效的，但需满足一定的法律条件和技术要求。在实际操作中，应选择合规的平台、明确约定使用电子章、验证各方身份并妥善保存证据。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。