当被告公司不出庭时，法院会根据案件的具体性质和情况采取相应的措施。以下是对此问题的详细解答：
一、民事诉讼中的处理
缺席判决：
- 在民事诉讼中，如果被告公司经传票传唤无正当理由拒不到庭，或未经法庭许可中途退庭，法院将进行缺席判决。这意味着法院将主要依据原告提交的证据和陈述来审理案件，并依法作出判决。
- 举例来说，在合同纠纷中，如果原告提供了充分的证据证明合同的存在以及被告公司的违约行为，即使被告公司不出庭，法院也可能判决被告公司承担违约责任。
拘传：
- 对于某些必须到庭的被告公司，如涉及赡养、抚育、扶养义务等案件的被告，若经两次传票传唤无正当理由拒不到庭，法院有权对其进行拘传，强制其到庭参加诉讼。
下落不明与公告送达：
- 如果被告公司下落不明，法院将通过公告送达方式通知开庭，公告期一般为60天。公告期满后，被告公司仍未出现，法院将进行缺席判决。
视为承认原告诉求：
- 在某些情况下，如果被告公司既不出庭也不提交答辩状等书面意见，法院可能会视为被告公司承认原告的诉讼请求，这对被告公司极为不利。
正当理由不出庭与委托代理：
- 如果被告公司有正当理由（如突发重大疾病、遭遇不可抗力等）不能到庭，应及时向法院提交书面申请并附上相关证明材料，申请延期开庭。
- 被告公司也可以委托代理人出庭参与诉讼，代理人需具有合法授权，并有权进行答辩、提供证据等诉讼活动。
二、刑事诉讼中的处理
公诉案件：
- 在公诉案件中，被告人（包括公司代表）一般应当到庭参加诉讼。若拒不到庭，法院可强制其到庭，必要时由法警拘传。
自诉案件：
- 对于自诉案件，如果被告人（公司代表）不到庭，法院经过合法传唤后，可进行缺席审判，但通常会裁定中止审理，待被告人到庭后再恢复审理。
特殊情形：
- 对于贪污贿赂犯罪、严重危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪等特定案件，若犯罪嫌疑人、被告人在境外且符合缺席审判条件，检察院可向法院提起公诉，法院将进行审查并决定是否开庭审判。
三、行政诉讼中的处理
- 在行政诉讼中，如果被告（通常是行政机关或法律法规授权的组织）无正当理由拒不到庭，法院同样可进行缺席判决，以保障行政诉讼程序的正常进行。
四、建议与注意事项
原告应充分准备证据：
- 在被告公司不出庭的情况下，原告需确保诉讼请求有充分的事实依据作为支撑，以便法院能够依据现有证据作出公正判决。
遵守法院程序：
- 无论是原告还是被告公司，都应严格遵守法院的审判程序，依法参与诉讼活动。这包括按时提交证据、出庭应诉等。
寻求法律帮助：
- 面对被告公司不出庭的情况，建议及时咨询专业律师，了解具体处理流程及权利义务。律师可以提供专业的法律意见，帮助当事人更好地应对诉讼。
总结：当被告公司不出庭时，法院将依据法律规定及具体情况采取相应措施。原告应充分准备证据并遵守法院程序；被告公司则应积极应对诉讼，如有特殊情况应及时向法院说明并申请延期审理或提交书面意见。在必要时，寻求专业律师的帮助是明智的选择。