结论前置：公司迟到扣钱是否合法，需根据具体情况判断。若公司规章制度明确、合法制定且已公示，同时扣钱标准合理且不违反最低工资标准，则扣钱行为可能合法；反之，则可能违法。
合法情况分析
规章制度明确且合法制定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 解析：如果公司制定了关于迟到扣钱的规章制度，并且该制度经过了民主程序制定，内容合法，且已向员工公示或告知，那么公司依据该制度对迟到员工进行扣钱，是行使用工自主权的体现，不违反法律。
劳动合同有约定：
- 解析：若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定扣钱也是合法的。
扣除金额合理：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 解析：公司扣钱的金额必须合理，不能过高，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。例如，如果员工当月工资为5000元，公司最多只能扣除1000元作为迟到罚款，且扣除后员工工资不得低于当地最低工资标准。
特殊情况处理：
- 解析：在特殊情况下，如员工因不可抗力（如自然灾害、交通意外等）或公司安排的事务而迟到，公司应合理考虑并不予扣钱。
不合法情况分析
缺乏规章制度或未公示：
- 解析：如果公司未依法制定关于迟到扣钱的规章制度，或制定了但未进行公开公示并告知员工，那么对迟到员工的扣钱行为可能不合法。
扣罚金额不合理：
- 解析：如果扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，那么公司的扣钱行为可能违反法律。例如，如果员工当月工资仅为3000元，而公司却扣除了2000元作为迟到罚款，这显然是不合理的。
规章制度内容违法：
- 解析：如果公司的规章制度中存在违法或不合理之处，如规定迟到一次就扣除全部工资等，那么这样的规章制度是无效的，公司依据该制度进行的扣钱行为也是违法的。
法律建议
- 对于公司：在制定和执行关于迟到扣钱的规章制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工。同时，扣钱标准应明确、具体，且与员工的违纪行为相适应。
- 对于员工：如果认为公司的迟到扣钱规定不合理或存在违法情况，可以通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
总结：公司迟到扣钱的合法性需综合考虑多个因素，包括规章制度的制定和执行是否符合法律规定、扣罚措施是否合理等。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。