结论：公司法人以个人名义签订的协议，其发票的开具主体取决于协议的实际履行主体及资金流向，可能是公司，也可能是个人代开，具体需分情况讨论。

分析：

1. 协议实际履行主体为公司：

   • 若公司法人虽以个人名义签订协议，但协议的实际履行（如提供服务、交付货物等）是由公司完成的，且相关资金也流入公司账户，那么根据税收及发票管理的相关规定，发票应当由公司开具或由公司委托的第三方（如税务机关代开）开具给协议对方。
   • 在此情况下，若发票由个人代开，则可能存在发票开具主体与实际履行主体不符的问题，这可能导致发票无效或引发税务风险。

2. 协议实际履行主体为个人：

   • 若公司法人以个人名义签订协议，且协议的实际履行也是由个人完成的（如个人提供咨询服务、销售个人物品等），且相关资金也流入个人账户，那么发票应当由个人开具或由个人委托的第三方（如税务机关代开）开具给协议对方。
   • 在此情况下，发票由个人代开是合理的，但需确保代开行为符合税收及发票管理的相关规定，如提供必要的证明材料、缴纳应纳税款等。

3. 特殊情况与注意事项：

   • 资金流向与发票开具的一致性：无论协议的实际履行主体是谁，发票的开具都应与资金流向保持一致。即资金流入哪个主体（公司或个人），发票就应由哪个主体开具或委托开具。
   • 税务合规性：在开具发票时，必须确保符合税收及发票管理的相关规定，如使用正确的发票类型、填写完整的发票信息、缴纳应纳税款等。否则，可能面临税务处罚或法律风险。
   • 协议条款的明确性：为避免纠纷和税务风险，建议在协议中明确约定发票的开具主体、类型、时间等关键条款。这样可以在协议履行过程中有明确的依据和指引。

建议：

• 在签订协议前，明确协议的实际履行主体和资金流向，以便确定发票的开具主体。
• 在开具发票时，务必确保符合税收及发票管理的相关规定，避免税务风险和法律纠纷。
• 若对发票开具主体或相关税务问题存在疑问，建议及时咨询专业税务人员或律师，以确保合规操作。

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