股票在法院执行拍卖中二次流拍后，通常会进入以物抵债或变卖程序，具体处理方式需结合案件实际情况及法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 以物抵债程序
   根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第十六条，若二次拍卖仍流拍，申请执行人或其他执行债权人可申请以该次拍卖保留价接受股票抵债。若申请执行人拒绝接受，法院应自流拍之日起15日内书面通知其他执行债权人按顺序受偿；均不接受的，法院会解除查封、冻结措施，将股票退还被执行人，但存在抵押权等优先权的情况除外。

2. 变卖程序启动
   若以物抵债未达成，法院可依职权或依申请启动变卖程序（《民事诉讼法解释》第四百九十条）。变卖需以二次拍卖保留价为基准价，通过委托第三方平台或自行组织变卖进行。变卖期通常为60日，期间若成交，价款优先清偿债务；若未成交，法院可能再次降价（但不得低于前次保留价的2/3）或终止程序。

3. 特殊情形处理

   • 优先权人权利：若股票存在抵押权、质权等优先权，优先权人可主张以流拍价优先受偿；若其拒绝接受，法院可强制变卖后优先分配价款。
     
   • 无益拍卖终止：若股票评估价低于执行费用，法院可能裁定终止拍卖，并告知申请执行人另行主张权利（《拍卖、变卖规定》第二十二条）。
     
   • 被执行人配合义务：若被执行人拒不交付股票，法院可采取罚款、拘留等强制措施，甚至追究拒不执行判决、裁定罪的刑事责任。

实务建议：

• 对申请执行人而言，需在流拍后及时与法院沟通，明确是否接受以物抵债或申请变卖，避免因程序延误导致权益受损。
  
• 对被执行人而言，若股票流拍后被退还，仍需履行债务，否则法院可能继续执行其他财产。
  
• 涉及上市公司股票时，需注意《证券法》及交易所规则对股权变动的限制（如信息披露、要约收购等），避免因程序违法导致执行无效。

如有具体案件细节（如股票性质、执行标的额、优先权情况等），可进一步向我说明，我会结合实务经验提供针对性分析。