在民事诉讼中，公司立案后开庭前进行调解，通常不会留下所谓的“案底”。以下是对这一问题的详细分析：

一、调解的性质与目的

调解是民事诉讼中的一种重要解决纠纷的方式，其目的在于通过双方当事人的自愿协商，达成和解协议，从而终结诉讼程序。调解强调的是双方当事人的合意与自愿，而非法院的强制判决。因此，调解过程本身并不构成对当事人法律责任的认定或宣告。

二、“案底”的含义与范围

“案底”一词，在法律语境下，通常指的是个人或单位因违法犯罪行为而留下的记录，这些记录可能包括刑事犯罪记录、行政处罚记录等。这些记录通常会对个人或单位的信用、声誉等产生一定影响。然而，在民事诉讼中，调解并不涉及违法犯罪行为的认定，因此，调解过程本身不会留下“案底”。

三、调解协议的法律效力

调解协议是双方当事人在调解过程中达成的合意，一旦达成并经法院确认，即具有法律效力。这意味着，调解协议对双方当事人具有约束力，双方应当按照协议内容履行各自义务。但调解协议的法律效力并不等同于“案底”，它不会对个人或单位的信用、声誉等产生负面影响。

四、特殊情况下的考虑

虽然调解本身不会留下“案底”，但在某些特殊情况下，如调解协议涉及的内容可能涉及公共利益、社会秩序等，或者调解过程中存在违法行为（如欺诈、胁迫等），这些情况可能会引发其他法律后果。然而，这些后果与“案底”无关，而是基于其他法律规定产生的。

五、建议与注意事项

1. 积极参与调解：对于公司而言，积极参与调解是解决纠纷的一种有效方式，可以节省时间、成本和精力。
2. 确保调解协议的合法性：在达成调解协议时，应确保协议内容合法、合规，避免引发其他法律后果。
3. 咨询专业律师：在调解过程中，如有任何疑问或需要法律帮助，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。

综上所述，民事诉讼中公司立案后开庭前进行调解，通常不会留下“案底”。但公司应积极参与调解，确保调解协议的合法性，并在需要时咨询专业律师。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。