三分之二股份的股东能否申请变更法人，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 一般情况：

   • 根据《公司法》的相关规定，对于修改公司章程、增加或减少注册资本、公司合并、分立、解散或变更公司形式等重大事项，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。虽然法定代表人变更不一定直接列为上述重大事项，但往往涉及公司章程中关于法定代表人条款的修改。因此，在没有特别约定的情况下，三分之二以上表决权通过的股东会决议通常能够满足变更法人的程序性要求。

2. 公司章程有特殊规定的情况：

   • 公司章程作为公司的“基本法”，具有优先适用的效力。如果公司章程对法定代表人变更的表决方式和比例作出特殊规定，如要求更高比例的股东同意（如全体股东一致同意）或满足其他特定条件，那么仅依据三分之二以上的表决权通过是不足以办理法人变更的，还必须符合公司章程的具体规定。

3. 决议内容和程序合法合规的情况：

   • 即使股东会决议达到了三分之二以上表决权通过，并且符合公司章程的规定，也还需要注意决议内容和程序的合法合规性。如果决议内容存在违法情形，如决议程序存在严重瑕疵（未依法通知部分股东参会等）、决议内容损害了公司利益或其他股东的合法权益等，该决议可能会面临被撤销或认定无效的风险，这将直接影响法人变更的办理和后续的法律效力。

法律建议：

• 在实际操作之前，建议详细查看公司章程的相关规定，确保变更法人的决议符合公司章程的要求。
• 确保股东会决议的内容和程序合法合规，避免存在违法情形或严重瑕疵。
• 如果对变更法人的程序或要求存在疑问，或者遇到复杂的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。

可能法律后果：

• 如果未经合法程序变更法人，可能会导致变更无效，甚至引发法律纠纷。
• 如果决议内容或程序存在违法情形，相关股东或公司可能会面临法律责任，如赔偿损失、承担行政责任等。

因此，在申请变更法人时，务必确保符合法律法规和公司章程的规定，以确保变更的合法性和有效性。