结论：在一般情况下，正常离职时公司扣除底薪是不合法的。但具体是否合法，还需根据劳动合同、公司规章制度以及员工的具体行为来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与基本原则
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。底薪作为工资的组成部分，同样受到法律保护。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也指出，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步确认了底薪是劳动者的合法权益，用人单位不得无故扣除。
二、不合法的情况分析
无明确约定或规定：
- 如果劳动合同及公司规章制度中均未提及离职时可扣除底薪，那么公司扣除员工底薪的行为缺乏依据，属于不合法行为。
- 举例：小李按公司规定提前30天提交离职申请并完成所有手续，但公司无故扣除其底薪，且合同和规章中均无相关条款，此情况公司做法不合法。
员工已完成工作任务且无违规行为：
- 员工离职前已完成工作任务，且没有违反公司规章制度或工作纪律的行为，公司应支付全额底薪，不能无故扣除。
- 举例：小张离职前工作表现良好，完成了所有任务，但公司却扣除其底薪，此行为不合理且不合法。
三、可能合法的情况分析
尽管在大多数情况下扣除底薪是不合法的，但也存在一些特定情形下公司可能有权扣除部分底薪：
有明确约定或规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了在某些特定情形下，员工正常离职时公司可以扣除底薪，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定执行是合法的。但这种情况较为少见，且需要严格的合同和制度依据。
员工存在违反公司规定的行为：
- 如果员工在离职前存在违反公司规章制度、工作纪律等行为，且这些行为给公司造成了实际损失，公司根据相关规定和损失情况，扣除部分底薪作为处罚或赔偿是合法的。但这种情况下，公司需要提供充分的证据证明员工的违规行为以及造成的损失。
- 举例：小王离职前故意损坏公司设备，给公司带来经济损失，公司根据规章制度和相关法律规定扣除其部分底薪作为赔偿，此做法合法。但需注意，扣除的金额应与损失相当，且不能违反法律法规的强制性规定。
四、劳动者权益保护途径
- 向劳动行政部门投诉：如果用人单位存在克扣底薪的行为，劳动者可以向劳动行政部门投诉，要求其调查处理并纠正违法行为，同时支付被克扣的工资及相应的赔偿金。
- 劳动仲裁：劳动者也可以通过劳动仲裁的方式维护自己的合法权益。在劳动仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据（如劳动合同、工资条、离职证明等）以证明用人单位存在克扣底薪的行为。劳动仲裁机构会根据法律规定和证据情况作出公正裁决。
五、总结与建议
综上所述，正常离职时扣除底薪在大多数情况下是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，保障劳动者的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权利与义务，在遭遇不公时积极寻求法律途径维护自身权益。如果你遇到了公司无故扣除底薪的情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。