针对您提出的“非法经营种子罪立案标准”的问题，这实际上涉及两个不同的法律领域，即非法经营种子（若涉及伪劣种子则可能构成生产、销售伪劣种子罪）和非法买卖毒品原植物种子罪。我将分别就这两个方面为您详细阐述立案标准。

一、非法经营伪劣种子（生产、销售伪劣种子罪）的立案标准

根据《中华人民共和国刑法》第一百四十七条及相关司法解释，生产、销售伪劣种子罪的立案标准主要包括以下几点：

1. 直接经济损失：

   • 若因使用假种子导致农作物减产、绝收等直接经济损失，以及为恢复生产而投入的额外成本等间接损失，合计达到两万元以上，即构成立案标准。

2. 其他使生产遭受较大损失的情形：

   • 假种子导致土地无法继续耕种，或土地轮番播种周期被推迟等严重损害情况。
   • 假种子对特定珍稀农作物、经济作物造成严重损害，虽损失金额未达到两万元，但对当地农业经济结构、生态环境产生较大负面影响。

3. 具体损失金额的认定：

   • “较大损失”一般以二万元为起点。
   • “重大损失”以十万元为起点。
   • “特别重大损失”以五十万元为起点。

注意事项：

• 如果行为人生产、销售伪劣种子，但未使生产遭受较大损失，则不构成生产、销售伪劣种子罪。然而，若销售数额在五万元以上，应按生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。
• 若生产、销售伪劣种子的行为同时触犯了生产、销售伪劣种子罪和生产、销售伪劣产品罪，应依据处罚较重的规定进行处罚。

二、非法买卖毒品原植物种子罪的立案标准

根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（三）》的相关规定，非法买卖毒品原植物种子罪的立案标准主要包括以下几点：

1. 数量标准：

   • 罂粟种子：非法买卖未经灭活的罂粟种子，重量达到五十克以上，或者罂粟幼苗数量达到五千株以上。
   • 大麻种子：非法买卖未经灭活的大麻种子，数量达到五十千克以上，或者大麻幼苗数量达到五万株以上。
   • 其他毒品原植物种子、幼苗：若涉及除罂粟、大麻之外的其他毒品原植物种子或幼苗，法律虽未明确具体数量标准，但会结合案件具体情况，综合考虑毒品原植物的种类、社会危害性等因素来判断。

2. 其他情形：

   • 在非法买卖、运输、携带、持有的毒品原植物种子或幼苗中，如果经检验发现有的已经发芽、出苗或者能够成活、生长，无论数量多少，都应当予以立案追诉。
   • 存在其他情节严重的非法买卖毒品原植物种子或幼苗的行为，也应当依法立案追诉。

总结： 非法经营种子若涉及伪劣种子，则主要依据经济损失和其他损害情形来判定是否构成生产、销售伪劣种子罪；而非法买卖毒品原植物种子罪则主要依据数量标准和其他严重情节来判定。在实际操作中，执法机关会根据具体情况，综合考虑各种因素来判断是否应予立案追诉。希望这些信息能对您有所帮助，如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。