公司设定绩效考核扣工资在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情形及条件
制度依据：
- 公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容。
- 举例：若公司制定了详细的绩效考核办法，明确了考核指标、评分标准以及绩效工资的扣减规则，并且这些办法已经过职工代表大会讨论通过，同时向员工进行了公示或告知，那么公司根据这些办法扣减绩效工资就是合法的。
合同约定：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。
- 举例：劳动合同中明确约定，若员工月度绩效考核得分低于60分，公司有权扣减其当月绩效工资的20%。在此情况下，公司依据合同约定扣减工资是合法的。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
- 举例：公司在进行绩效考核时，应确保考核指标的合理性和可达成性，避免设置过高或模糊的考核标准。同时，考核过程应公开透明，允许员工申诉和复核考核结果。
法律底线：
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。扣减工资的行为不得违反《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。
- 举例：若员工的基本工资为当地最低工资标准，公司不得因其绩效考核不达标而扣减其基本工资，否则将违反最低工资标准的规定。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。
- 后果：劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则公司基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
- 后果：劳动者有权对考核结果提出异议，并要求公司重新进行考核或提供合理的解释。若公司无法提供合理解释或拒绝重新考核，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则公司的行为构成违法。
- 后果：劳动者有权要求公司补发工资差额，并可能获得额外的经济补偿。同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚。
劳动者权益维护途径
- 与公司协商：劳动者首先应与公司沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
- 向劳动行政部门投诉：若协商无果，劳动者可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如问题仍无法解决，劳动者可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。
总结来说，公司设定绩效考核扣工资是否合法，取决于多个因素的综合考量。作为劳动者，在遇到此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求法律帮助以确保自身权益不受侵害。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。