破坏国家二级保护植物，检察院并非一定不起诉，是否起诉需根据具体案情和法律规定来综合判断。以下从多个角度为你详细分析：

法律规定角度

根据《中华人民共和国刑法》第三百四十四条的规定，违反国家规定，非法采伐、毁坏珍贵树木或者国家重点保护的其他植物的，或者非法收购、运输、加工、出售珍贵树木或者国家重点保护的其他植物及其制品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。国家二级保护植物属于该条款中“国家重点保护的其他植物”的范畴，因此，破坏国家二级保护植物的行为，在符合上述法律规定的情况下，是构成犯罪的，检察院有权依法提起公诉。

不起诉的情形

虽然破坏国家二级保护植物可能构成犯罪，但在某些特定情况下，检察院可能会作出不起诉的决定。这些情形通常包括：

1. 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：如果破坏行为情节轻微，没有造成严重后果，或者行为人具有自首、立功等情节，检察院可能会认为不构成犯罪，从而作出不起诉决定。
2. 犯罪已过追诉时效期限的：如果破坏行为已经发生较长时间，超过了法律规定的追诉时效期限，检察院将不再追究刑事责任，作出不起诉决定。
3. 经特赦令免除刑罚的：如果行为人获得了特赦令，免除了刑罚，检察院也将不再提起公诉。
4. 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的：虽然破坏国家二级保护植物不属于告诉才处理的犯罪，但这一条款说明了在某些特定情况下，检察院可能基于被害人的意愿或行为而作出不起诉决定。不过，在破坏国家二级保护植物的案件中，这一条款并不直接适用。
5. 犯罪嫌疑人、被告人死亡的：如果犯罪嫌疑人或被告人在案件审理过程中死亡，检察院将不再追究其刑事责任，作出不起诉决定。
6. 其他法律规定免予追究刑事责任的：除了上述情形外，如果法律另有规定免予追究刑事责任的，检察院也将作出不起诉决定。

实际案例与司法实践

在实际案例中，检察院是否起诉破坏国家二级保护植物的行为，还会综合考虑多种因素，如行为人的主观恶性、破坏行为的严重程度、对生态环境造成的损害后果等。如果行为人出于故意，且破坏行为严重，对生态环境造成了显著损害，那么检察院很可能会依法提起公诉。相反，如果行为人出于过失或无知，且破坏行为轻微，没有造成严重后果，那么检察院可能会考虑作出不起诉决定或建议从轻处罚。

建议与提醒

1. 增强法律意识：公众应增强对国家重点保护植物的法律意识，了解哪些植物属于保护范畴，避免无意中触犯法律。
2. 谨慎行事：在涉及植物采伐、移植等活动时，应事先咨询相关部门或专业人士，确保行为合法合规。
3. 积极配合调查：如果因无知或疏忽而破坏了国家二级保护植物，应积极配合相关部门的调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。

如果你或你身边的人遇到了涉及破坏国家二级保护植物的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。