结论：没打卡扣休息费是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效以及是否实际损害了员工权益。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度合法性角度
规章制度制定程序合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中关于“没打卡扣休息费”的规定未经上述程序制定，则该规定可能因程序违法而无效。
规章制度内容合法：
- 规章制度内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
- 若“没打卡扣休息费”的规定实质上是对员工未打卡行为的惩罚，且该惩罚措施过于严厉，如扣除的休息费远超过员工未打卡可能给公司造成的损失，则该规定可能因内容违法而无效。
二、实际损害员工权益角度
未打卡与扣休息费无直接因果关系：
- 若员工未打卡是因为公司系统故障、忘记打卡等非故意行为，且员工能提供其他证据证明其实际出勤，则公司扣休息费的行为可能缺乏合法依据。
- 在此情况下，员工有权要求公司返还被扣除的休息费，并可能因此要求公司承担相应的法律责任。
扣休息费超出合理范围：
- 即使员工未打卡存在过错，公司扣休息费的金额也应合理，不得超出员工未打卡可能给公司造成的实际损失。
- 若公司扣休息费的金额过高，员工有权要求公司调整扣款金额，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、建议与措施
审查公司规章制度：
- 员工应仔细审查公司规章制度中关于“没打卡扣休息费”的规定，判断其是否合法有效。
- 若发现规定违法或不合理，员工有权向公司提出异议，并要求公司修改或废除该规定。
保留证据并维权：
- 若员工因未打卡被扣休息费，且认为该扣款行为违法或不合理，应保留相关证据（如打卡记录、工作记录、沟通记录等）。
- 员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司返还被扣除的休息费，并可能因此要求公司承担相应的法律责任。
总结：没打卡扣休息费是否合法，需根据具体情况判断。员工应仔细审查公司规章制度，保留相关证据，并在必要时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。