综合工时制下，按年计算的工作时间上限为2000小时左右。以下是对这一问题的详细解释：
一、综合工时制的基本定义与计算周期
综合工时制是一种特殊的工时制度，它根据工作性质特殊或受季节及自然条件限制等因素，需在一段时间内连续作业，并采取以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但整个周期内的总实际工作时间不应超过法定标准工作时间。
二、按年计算的工作时间上限
法定标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，实行综合计算工时制的员工，其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。虽然法律没有直接规定按年计算的具体上限，但通常以年为周期时，全年法定标准工作时间约为2000小时左右（这一数值是基于每日8小时、每周40小时的标准，并考虑到一年中的工作日数量得出的近似值，实际计算可能因具体月份的天数和周末分布而略有差异）。
计算方式：
- 若以年为周期计算，企业需确保员工在一年内的总工作时间不超过这一上限。例如，如果某员工在一年中的某些月份工作时间较长，那么在其他月份应相应减少工作时间，以保持全年总工作时间的平衡。
三、加班认定与待遇
加班认定：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，则超过部分应认定为加班。
加班待遇：
- 延长工作时间的，用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
- 在法定节假日工作的，用人单位应按不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
四、实施要求与注意事项
审批要求：
- 企业实行综合计算工时工作制，需向当地劳动保障行政部门提出申请，并提交相关材料，经审核批准后方可实施。未经批准擅自实行的，可能面临劳动监察部门的处罚。
保障劳动者权益：
- 企业应确保实行综合计算工时工作制的职工有适当的休息时间，不得剥夺其正常休息权利。同时，超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并按照规定支付加班工资。
合理确定劳动定额：
- 企业应合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息，并确保延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时（这一限制是针对月度计算的，但在年度计算中也应予以考虑，以保持工作时间的合理性）。
五、实际案例与说明
假设某企业实行综合工时制，以年为周期计算工作时间。在一年中，该企业根据生产需求灵活安排员工的工作时间，有时某个月份工作时间较长，但其他月份则相应减少。在年底进行总计算时，发现员工全年的总工作时间未超过2000小时，且平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准基本相同。在这种情况下，企业无需支付加班工资（除非存在法定节假日工作的情况）。然而，如果全年总工作时间超过了2000小时，则超过部分应视为加班，并按照规定支付加班工资。
总结与建议：
综合工时制是一种灵活的工时制度，旨在适应不同行业和工作性质的需求。然而，企业在实施时必须严格遵守劳动法的相关规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您对综合工时制或相关劳动法律问题有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。