非法破坏林地1000亩且时间跨度达18年的行为，可能涉及刑事责任、行政责任及民事赔偿责任，具体处理方式需结合行为性质、法律适用及证据情况综合判断。以下从不同法律维度展开分析：

1. 刑事责任：可能构成非法占用农用地罪

根据《刑法》第三百四十二条及司法解释，非法占用林地，改变被占用林地用途，数量较大（通常为10亩以上），造成林地大量毁坏的，构成非法占用农用地罪。本案中：

• 数量标准：1000亩远超“数量较大”的立案标准（10亩），若行为人通过填埋、硬化、采伐等方式破坏林地原有植被或林业生产条件，导致林地生态功能丧失，即构成“造成林地大量毁坏”。
• 时间因素：18年的持续破坏行为可能被认定为“情节严重”，甚至涉及“特别严重情节”（如造成国家级自然保护区、生态公益林毁坏），量刑幅度可能从“五年以下有期徒刑或拘役”升至“五年以上有期徒刑”。
• 共犯与单位犯罪：若涉及多人共同实施或单位主导，需追究直接责任人员或单位的刑事责任。

建议：公安机关立案后，需通过林业部门鉴定、卫星遥感影像、现场勘查等证据固定破坏范围及程度，行为人若主动修复林地或缴纳生态修复金，可能从轻处罚。

2. 行政责任：林业主管部门可处罚款、责令恢复原状

即使行为未被追究刑事责任，林业主管部门仍可依据《森林法》第七十四条、第七十五条：

• 罚款：按“恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下”处罚（如修复1000亩林地需500万元，罚款可达1500万元）；
• 责令限期恢复：要求行为人在6个月至1年内完成林地修复，逾期未履行可代为履行，费用由行为人承担；
• 其他处罚：若涉及非法采伐林木，可能同时面临“补种树木倍数罚款”或“没收违法所得”。

注意：行政处罚与刑事处罚可并行，但罚款金额可能折抵罚金（刑事判决中的财产刑）。

3. 民事赔偿责任：生态损害赔偿与修复费用

根据《民法典》第一千二百三十四条、第一千二百三十五条，行为人需承担：

• 生态修复费用：包括林地清理、土壤改良、植被恢复等直接费用；
• 服务功能损失：如林地固碳释氧、水土保持等生态服务价值损失（需通过专业评估确定）；
• 惩罚性赔偿：若行为人存在故意或重大过失，法院可能判令额外赔偿（通常为实际损失的1-3倍）。

案例参考：2021年某省高院判决一起非法占用林地案，被告人需赔偿生态修复费用800万元及服务功能损失200万元，总计1000万元。

4. 历史遗留问题的处理：法律适用与追诉时效

• 法律适用：若破坏行为持续至《刑法修正案（十一）》（2021年）实施后，应适用新法（提高量刑幅度）；若行为终止于2021年前，则按旧法处理。
• 追诉时效：非法占用农用地罪最高刑为五年，若18年间未被立案，可能已过追诉时效（需结合行为是否连续、是否被行政处罚等综合判断）。

建议：若行为人主动投案并配合调查，可争取“追诉时效中断”（如行政处罚后重新计算时效），避免因时效问题免于刑事处罚。

总结建议

1. 立即停止破坏行为，避免损失扩大；
2. 委托林业调查机构评估破坏范围及程度，为后续处理提供依据；
3. 与林业部门、检察机关沟通，争取通过“认罪认罚+生态修复”从宽处理；
4. 准备民事赔偿资金，避免被强制执行或列入失信名单。

如需进一步分析具体证据或量刑情节，可提供更多细节后为您详细解答。