若普通村民非法占有集体5000元以上资金，可能涉及侵占集体财产的违法行为，需根据具体情况承担相应法律责任，具体处理方式如下：

1. 民事责任层面
   根据《民法典》第二百六十五条，集体所有的财产受法律保护，禁止任何组织或个人侵占、哄抢、私分、破坏。若村民通过非法手段占有集体资金（如挪用、截留、私分等），集体经济组织或村民委员会可要求其返还财产，并可主张赔偿因侵占行为导致的实际损失（如利息损失、管理成本增加等）。若双方协商无果，集体可向法院提起民事诉讼，要求村民返还资金并承担诉讼费用。

2. 行政责任层面
   若侵占行为违反《村民委员会组织法》或地方性法规（如《XX省农村集体资产管理条例》），乡镇人民政府可责令村民限期改正；拒不改正的，可建议村民会议或村民代表会议依照规定程序罢免其职务（若村民担任集体职务），或采取其他行政措施（如通报批评、限制参与集体事务等）。此外，若侵占资金涉及贪污、职务侵占等情形，可能触发行政处罚程序（如罚款、没收违法所得等）。

3. 刑事责任层面
   若村民利用职务便利（如担任村干部、会计等），将集体资金非法占为己有，数额较大（通常为6万元以上，但部分地区可能以5000元为起罚标准，需结合地方司法解释）的，可能构成《刑法》第二百七十一条规定的职务侵占罪，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的（通常为100万元以上），处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
   若村民未利用职务便利，但通过盗窃、诈骗等手段侵占集体资金，数额较大的（通常为3000元至1万元以上），可能构成盗窃罪或诈骗罪，依法追究刑事责任。

建议处理步骤：

1. 固定证据：集体经济组织应收集资金流水、会议记录、证人证言等证据，证明村民侵占事实及资金归属。
   
2. 协商或调解：优先通过村民会议、乡镇调解委员会等渠道协商解决，要求村民返还资金。
   
3. 行政投诉：向乡镇人民政府或农业农村部门举报，请求行政干预。
   
4. 刑事报案：若涉嫌犯罪，向公安机关报案，由其立案侦查。
   
5. 民事诉讼：若其他途径无效，直接向法院起诉，要求返还资金并赔偿损失。
   

温馨提示：具体处理需结合侵占方式、资金性质、地方标准等因素综合判断。若涉及复杂情形（如职务混同、资金用途争议等），建议进一步提供细节，以便更精准分析。