工厂被恶意投诉时，可按照以下步骤处理，核心在于固定证据、合法应对投诉、追究恶意投诉者责任：

1. 固定证据，证明投诉的恶意性
   首先需收集并保存所有能证明投诉“恶意”的证据，例如：

   • 投诉人身份信息（若已知）、投诉渠道记录（如12345、市场监管部门转办单等）；
     
   • 投诉内容与事实严重不符的证据（如工厂生产记录、环保检测报告、产品合格证明等）；
     
   • 投诉人存在主观恶意的线索（如多次重复投诉、投诉内容明显虚构、投诉后要求“私了”索要钱财等）。
     法律依据：根据《民法典》第1024条，恶意捏造事实损害他人名誉的，需承担民事侵权责任；若投诉涉及诬告陷害，还可能触犯《刑法》第243条诬告陷害罪（需达到“情节严重”标准）。

2. 通过合法途径应对投诉

   • 向投诉受理部门申诉：若投诉已转至市场监管、环保等部门，需在规定期限内（通常5-15个工作日）提交书面申诉材料，附上证据证明投诉不实，要求部门终止调查或撤销处理决定。
     
   • 申请行政复议或诉讼：若部门因恶意投诉对工厂作出行政处罚（如罚款、停产整顿），可在收到处罚决定后60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼，主张处罚依据不足。
     
   • 报警处理：若投诉人存在伪造证据、威胁勒索等行为，可向公安机关报案，追究其治安或刑事责任（如敲诈勒索罪）。

3. 追究恶意投诉者的法律责任

   • 民事赔偿：若恶意投诉导致工厂名誉受损、订单流失等经济损失，可依据《民法典》第179条起诉投诉人，要求赔偿直接损失（如停产损失、客户解约违约金）及合理维权费用（如律师费、公证费）。
     
   • 刑事控告：若投诉人通过虚构事实、伪造证据等手段意图使工厂受刑事追究，且情节严重（如导致工厂被立案侦查），可向公安机关控告其涉嫌诬告陷害罪。
     
   • 信用惩戒：若投诉人被认定恶意投诉，可要求相关部门将其纳入“信用黑名单”，限制其后续投诉权利。

补充建议：

• 日常经营中，建议工厂定期留存生产、环保、产品合规等证据（如检测报告、合同、客户反馈），以便快速应对突发投诉；
  
• 若恶意投诉频繁发生，可考虑在工厂官网或公告栏发布声明，澄清事实并保留追究法律责任的权利，起到威慑作用。
  

如有具体证据或投诉内容需要分析，可直接向我说明，我会进一步结合细节提供操作方案。