驾驶校车超载人数20人以上的，将被一次性扣12分。具体分析如下：

1. 法律依据
   根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》（公安部令第163号）第八条第四项规定：驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车载人超过核定人数百分之二十以上，或者驾驶其他载客汽车载人超过核定人数百分之百以上的，一次记12分。校车作为特殊营运车辆，其超载处罚标准与公路客运汽车、旅游客运汽车一致，均适用最严厉的扣分规则。

2. 超载比例计算逻辑
   若校车核定载客人数为X人，实际载客人数为Y人，当（Y-X）/X≥20%时，即构成“超载20%以上”。例如：

• 核载40人的校车，实载48人（超载8人），超载比例20%，未达20%以上标准；
  
• 核载40人的校车，实载49人（超载9人），超载比例22.5%，则触发扣12分规则。

1. 法律后果延伸
   除扣分外，驾驶员还可能面临：
   

• 罚款处罚：根据《道路交通安全法》第九十二条，处500元以上2000元以下罚款；
  
• 行政拘留：若超载情节严重（如多次违法、引发事故），可能并处15日以下拘留；
  
• 从业资格限制：校车驾驶员若被扣满12分，需参加满分学习并通过考试后才能重新取得驾驶资格，且可能影响校车驾驶资质续期。

温馨提示：校车安全关乎学生生命，超载会显著增加制动距离、导致车辆失控风险。建议驾驶员严格核对载客人数，学校加强出车前检查，共同守护学生出行安全。如有其他交通法律问题，欢迎随时向我咨询。