结论：虚开90万普票5年后是否会被刑事立案，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、追诉时效的角度
根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
对于虚开普通发票的行为，如果构成犯罪，其法定刑通常依据虚开的税款数额、情节严重程度等因素来确定。若虚开90万普票的行为，在五年内未被发现，且根据法律规定，其可能面临的最高刑不满五年有期徒刑，那么在五年后，该行为通常不再被追诉，即不会被刑事立案。然而，如果虚开行为情节特别严重，可能面临更高的法定刑，那么追诉时效可能会相应延长。
二、案件发现与立案的角度
- 案件发现时间：如果虚开行为在五年内被税务机关、公安机关或其他相关部门发现，并开始进行调查，那么即使超过了五年，只要案件仍在追诉时效内，且证据充分，仍然有可能被刑事立案。
- 立案条件：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，立案需要满足一定的条件，包括有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的范围。因此，即使虚开行为已经过去五年，但如果满足立案条件，仍然有可能被刑事立案。
三、特殊情况的处理
- 连续犯罪或继续犯罪：如果虚开行为是连续进行的，或者处于继续状态，那么追诉时效的计算可能会从最后一次虚开行为结束之日起计算。这意味着，即使单次虚开行为已经过去五年，但如果整体行为仍在追诉时效内，仍然有可能被刑事立案。
- 逃避侦查或审判：如果犯罪嫌疑人在虚开行为后逃避侦查或审判，那么追诉时效的计算可能会受到影响。根据法律规定，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。
四、法律建议
- 主动配合调查：如果发现自己或他人存在虚开普通发票的行为，建议主动配合税务机关、公安机关的调查，如实说明情况，争取从轻处理。
- 咨询专业律师：由于虚开普通发票的行为可能涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
总结来说，虚开90万普票5年后是否会被刑事立案，取决于多种因素，包括追诉时效、案件发现时间、立案条件以及是否存在特殊情况等。因此，无法给出绝对的答案。如果您或他人存在此类行为，建议尽快咨询专业律师以获取更具体的法律建议。