结论前置：员工“自离”（即未经公司批准或未按照法定程序擅自离职）后，仍然有权获得其已工作期间的工资报酬，但具体能否全额获得及是否需承担其他后果，需结合公司规章制度、劳动合同及相关法律法规综合判断。

一、法律基础与工资支付

1. 法律基础：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，只要劳动者为用人单位提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬，这是劳动者的基本权利。

2. 自离情况下的工资支付：即便员工“自离”，只要其之前已经为公司提供了正常的劳动，那么理论上就应该获得相应的工资报酬。用人单位不能单纯以员工“自离”为由拒绝支付其已工作期间的工资。

二、公司规章制度与工资扣除

1. 公司规章制度的约束力：在实际操作中，很多公司会在内部规章制度中明确规定员工离职的相关流程和手续。如果员工未按照规定办理离职手续，公司可能会依据这些规章制度对员工进行处罚，如扣除部分工资作为违约金等。但这种扣除必须建立在合法合规的基础上，不能违反相关法律法规的规定。

2. 经济损失的赔偿：如果因为员工“自离”给用人单位造成了经济损失，如生产中断、工作交接延误等，并且公司有充分的证据证明损失的存在和具体金额，那么公司可以要求员工赔偿相应损失。但这并不构成拒绝支付工资的理由，而是作为额外的赔偿请求。在要求赔偿时，公司需注意每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

三、员工权益保护与纠纷解决

1. 协商与投诉：如果用人单位拒绝支付“自离”员工工资，员工首先应与用人单位进行协商，要求其支付工资。若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令用人单位支付工资。

2. 仲裁与诉讼：员工还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿等。如果仲裁结果仍不满意，员工可以依法向人民法院提起诉讼。

四、实际建议

1. 保留证据：员工在离职前应尽可能保留好与工作相关的证据，如工作记录、考勤记录等，以便在发生纠纷时证明自己的工作情况和应得工资。

2. 了解公司规章制度：在离职前，员工应了解公司的规章制度和劳动合同中关于离职和工资支付的相关规定，以便在发生纠纷时能够有针对性地维护自己的权益。

3. 及时沟通：如果员工因特殊原因需要“自离”，建议提前与公司进行沟通，说明情况并尽量协商解决工资支付等问题，以避免不必要的纠纷和损失。

总结来说，员工“自离”后仍然有权获得其已工作期间的工资报酬，但具体支付情况需结合公司规章制度、劳动合同及相关法律法规综合判断。在处理此类问题时，建议双方保持沟通，遵循法律法规，以维护各自的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。