在办理行政案件中查获的伪造、变造的公文、证件、证明文件、票证、印章，处理方式需根据具体情形和法律规定进行，以下是详细分析：

1. 收缴与销毁
   根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第十一条规定，对办理行政案件中查获的伪造、变造的公文、证件、证明文件、票证、印章，应当依法收缴，并按照规定销毁。这是最直接的处理方式，旨在消除违法物品对社会的潜在危害。

2. 作为证据使用
   在行政案件处理过程中，这些伪造、变造的物品往往作为关键证据，用于证明违法行为的存在和性质。因此，在收缴后，公安机关或相关行政机关会依法进行证据固定和保存，以备后续法律程序使用。

3. 追究法律责任

   • 对伪造、变造者的处罚：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条的规定，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
     
   • 对使用者的处罚：如果明知是伪造、变造的公文、证件、证明文件、票证、印章而使用，同样可能面临上述治安管理处罚。若使用行为构成犯罪，如诈骗罪、伪造国家机关公文罪等，还将依法追究刑事责任。

4. 特殊情况处理

   • 涉及国家秘密的公文、证件等：如果查获的伪造、变造物品涉及国家秘密，除了依法收缴和销毁外，还需按照国家保密法律法规的规定，采取相应的保密措施，防止国家秘密泄露。
     
   • 涉及其他违法行为的：如果伪造、变造行为与其他违法行为（如诈骗、贪污等）有关联，需将相关线索移送至有管辖权的机关进行进一步调查和处理。

总结与建议：
在处理此类案件时，建议相关行政机关或公安机关严格依法办事，确保收缴、销毁、证据固定和法律责任追究等环节的合法性和规范性。同时，加强与其他部门的协作配合，形成打击伪造、变造违法行为的合力。如果您在具体案件中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。